第四章蛋白质结构与功能-structureandfunction.ppt

第四章  蛋白质结构与功能 §4.1 蛋白质结构 从结构信息分析蛋白质的功能——生物信息学 1、与已知结构与功能的蛋白质想比较 数据库SWISS-PROT www.ebi.ac.uk/swissprot PDB /pdb 由软件对比其氨基酸序列，推测三级结构 2、从存在的保守模序分析蛋白质功能 从一级结构和三级结构的分析发现大量与特定生物学活性相关的保守模序，如锌指，亮氨酸拉链，EF-手，bab单位等 §4.2 蛋白质翻译后化学修饰 （一）肽链加工（主链） 1、去除N-端甲酰基或甲硫氨酸 2、二硫键形成 3、水解修饰: 在特异的蛋白水解酶催化下进行，如酶原激活，信号肽切除，同一前体蛋白水解成多种活性肽 鸦片促黑皮质素原(POMC)——促肾上腺皮质激素，b-促黑激素， b-内啡肽， b-脂酸释放激素等 前胰岛素原——切除23AA信号肽，切除连接肽 （二）侧链或肽链末端基团化学修饰(chemical modification) 可逆磷酸化修饰 reversable phosphorylation 糖基化修饰 glycosylation 脂肪酰化修饰 fatty acylation: 乙酰化 棕榈酰化 肉豆蔻酰化 其它：生物素化，甲基化，硫酸化，泛素化等 1、可逆磷酸化修饰 体内最广泛最重要的一类调节蛋白质活性的化学修饰方式 糖原磷酸化酶b 糖原磷酸化酶a （无活性） （有活性） 磷酸化位点： Ser /Thr PKA -Arg-Arg-Xn-Ser- Tyr Src -Lys/Arg-X3-Asp/Glu-X3-Tyr- NR2A：Y1292, Y1325 and Y1387 NR2B： Y1252, Y1336 and Y1472 蛋白质磷酸化以后磷酸基团通过静电相互作用，引起蛋白晶体构象明显改变，导致其活性改变 2、糖基化修饰 主要发生在真核细胞的细胞质膜蛋白或分泌蛋白上 微观不均一性：加在真核细胞质膜和分泌蛋白上的寡糖基没有固定组成，同一种蛋白上的糖基修饰链可能都不一样 Ser/Thr O-型糖基化 Asn N-型糖基化 O-型糖基化特征： （1）与O-连接的一般是N-乙酰半乳糖胺(GalNAc) （2）所连寡糖基相对较小，由1~4个单糖残基组成 （3）化学修饰时单糖基逐个从核苷酸-单糖前体上，在不同糖基转移酶催化下加到蛋白分子上 功能： 可能与细胞间的分子识别有关，包括精子与卵子的识别，白细胞与血管表皮细胞之间的识别 O-型糖基化一般只在高尔基体中进行 3、脂肪酰化 首先在病毒蛋白中发现，多与水溶性蛋白的动态插膜、动态蛋白-蛋白相互作用的调节等有关 修饰基团： （1）十四碳脂肪酰（肉豆蔻酰，myristoyl） 与N-末端Gly残基通过酰胺键连接 Met-Gly-X-X-X-Ser/Thr- （2）十六碳脂肪酰（棕榈酰，palmitoyl） 与Cys残基通过硫酯键连接 §4.3 蛋白质结构与功能的关系 蛋白质结构决定功能 一级结构决定高级结构，高级结构决定生物学活性 多肽链中氨基酸序列决定了肽链的折叠和卷曲方式 核糖核酸酶的变构及失活 β-肽链要求R基团教小；极性氨基酸相邻，其侧链相互排斥，阻止α-螺旋的形成；蛋白质在刚合成时需分子伴侣蛋白结合疏水氨基酸，诱导其正确折叠 部分氨基酸在蛋白质空间结构中处于关键位置 一、血红蛋白结构与功能(P301) 成人 HbA α2β2； 胚胎早期ζ2ε2(α2 ε2 ， ζ2 γ2) ； 8周胚 HBFα2γ2 α类亚基基因簇：位于16号染色体，长28kb，含3个功能基因α1，α2，ζ；假基因4个ψ ζ, ψα2, ψα1, ψθ, 以及3个Alu序列 β类亚基基因簇：位于11号染色体，长60kb，含5个功能基因ε,G γ, A γ,δ, β; 1个假基因ψ β，8个Alu序列和2个Kpn序列