肠炎沙门氏菌血清型特异性基因挖掘及生物信息学分析_余水静.pdfVIP

第 35 卷 第 3 期 江西理工大学学报 Vol.35, No.3 2014 年 6 月 J Jun. 201 4 文章编号： 2 095-3046（2014）03-0013-05DOI: 肠炎沙门氏菌血清型特异性基因 挖掘及生物信息学分析 余 水静 ， 彭艳平 ， 邓扬悟 ， 郭燕华 ， 梁长利 ， 欧阳城添 江西理工大学资源与环境工程学院 江西赣州 （ ， 341000 ） 摘 要 肠炎沙门氏菌 能 引起畜禽的 胃肠炎以及食 物中毒 ： (Salmonella enterica serovar Enteritidis) ， 其血清型鉴定较 为复杂. 为 了挖掘肠炎沙门氏菌血清型特异性基因 ， 以 44 个 已测序 沙门氏菌基 因组构建数据 库 ，利 用肠炎沙门氏菌所 有蛋白编码序 列 为查询序 列 ，通过 BLASTN 比对 ，挖 掘出 6 个 肠 炎 沙 门 氏 菌 血 清 型 特 异 性 基 因 （SEN1382, SEN1383, SEN1388, SEN1936, SEN1945 和 SEN1959 ），其 中 4 个基 因编码噬 菌体相 关蛋白. 同时 ，研 究分析 了肠炎沙门氏菌血清型特异性基 因的理化性质 、二级 结构 、三级 结构 、亚细胞定位 、信号肽 和跨膜 区等特征 ，结果表明肠炎沙门氏 菌血清型特异性基因具 有 多样性特征 . 挖掘 的血清 型特异性基因 可 为鉴定肠炎沙门氏菌提供检 测靶标 . 关键词 肠炎沙门氏菌 血清 型 特异性基因 生物信 息学分析 ： ； ； ； 中图分类号： ； 文献标志码： Q933 R155.5 A Bioinformatics analysis and mining serovar-specific genes of Salmonella enterica serovar Enteritidis YU Shui-jing , PENG Yan-ping , DENG Yang-wu , GUO Yan-hua , LIANG Chang-li , OU YANG Cheng-tian （School of Resource and Environmental Engineering, Jiangxi University of Science and Technology, Ganzhou 341000, China ） Abstract: Salmonella enterica serovar Enteritidis is one of the major causes of gastroenteritis and food poisoning in humans due to the consumption of poultry derivatives. To mine serovar -specific genes of S. enterica serovar Enteritidis, all CDSs of it were searched in a searching database of 44 other Salmonella genomic sequences using