分子遗传学第3章基因与基因组20131023.ppt

SSR（simple sequence repeats)标记 SSR是一类由2-6个核苷酸为重复单位组成的长达几十个核苷酸片段的串联重复序列，其两侧由特异序列构成。 首先发现于人类基因组中，现已发现在许多真核生物中，如哺乳动物、鱼类、鸟类、昆虫类、单子叶植物、双子叶植物中SSR也广泛存在。 SSR标记 原理：以重复序列及两侧的特异序列作模板，以与特异序列互补的特异引物来扩增SSR等位基因，扩增产物在高浓度的琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶上电泳检测。 基因家族分类： 简单多基因家族：5S rRNA基因家族 复杂多基因家族：各个成员并不都是相同的 如 tRNA、rRNA基因家族、组蛋白基因家族 由发育阶段控制的多基因家族：人类珠蛋白的基因家族 1977年Roberts 和Sharp 分别用腺病毒的不同组织发现了断裂基因。当用RNA与其模板DNA分子杂交时，RNA链取代DNA双链中对应的链，形成R-突环(R-loop)。用电镜观察突环结构发现mRNA的5′端和其它部分分别与不同的DNA限制片段形成杂交。Sharp 等也观察到类似结果。这说明腺病毒mRNA 5′端前导序列和其余序列分别由基因组的不同部位转录而来。1993年同时获得Nobel奖 McClintock B,1942, Proc Natl Acad Sci USA 28:458—463 McClintock B,1946,Carnegie Inst Washington Year Book 45:176-186 McClintock B,1950, The origin and behavior of mutable loci in maize. Proc Natl Acad Sci USA, 36:244~349  McClintock B,1984, Science 226:792--801 Mu的插入途径： 第一，侵入的Mu可以在溶源化过程中以非复制型转座插入寄主DNA的任意部位，使原噬菌体两侧各有一个5bp的靶点序列重复 第二，进入裂解生长后，复制产生的后代Mu DNA几乎全部随机插入寄主DNA中，一旦插入极少再切除下来。它们能作为转座子再造成其它靶点上的插入 反转录转座子的分类 依其DNA结构及反转录酶的DNA的序列分为两种类型 一类是其两端均有一段长的正向重复序列和一段长的末端反向重复序列；含有逆转录病毒的核心蛋白基因(group-specific antigen gene， gag）及酶基因区域 ( polyprotein 多基因区域 ，pol）。如果蝇的Copia，酿酒酵母的Ty，拟南芥的Ta1和小鼠的IAP 另一类没有末端反向重复序列，也编码有与gag及pol 基因蛋白质产物类似的多肽分子。如哺乳动物中的L1，果蝇的I以及红色面包霉的Tad 利用转座子的插入突变效应，研究基因的结构与功能区 利用转座子进行基因 定位 利用转座子分离、克隆基因 构建转座子突变体库，为功能基因的克隆与功能研究提供了重要的技术平台 二者的DNA可以编码自身需要的蛋白质及tRNA和rRNA，但不编码全部所需的蛋白质，只编码其中的一部分，其余所需的蛋白质及酶均由核基因编码（细胞器膜不允许核酸分子通过） 在细胞质中的蛋白质合成系统合成后输入线粒体和叶绿体 对抗生素的选择可以使复合型转座子维持整体转座，因此，在选择条件下，完整复合型转座子的转座频率可以明显升高。 Mu是以大肠杆菌为寄主的温和噬菌体，以裂解和 溶源生长两种交替方式之一繁衍自己 DNA为线状分子 游离Mu噬菌体DNA的两端连接着一段寄主DNA， 左端约长100bp，右端约长1500bp d) 转座噬菌体 Mu phage (Mutator Phage巨型转座子) I 型； 剪贴式转座因子（cut - paste ） II 型；反转录转座子（Retro-transposon 类似反转录病毒） Copia in drosophila Ty1 in yeast Alu family Ac/Ds, Spm/dspm, Dt in maize，Mu系统 IR, transposase, needed Two components system （2）真核生物的转座因子的种类 Mu1，Mu2 Mu DR（转座子） 未命名 Dt（斑点） dSpm（缺陷的Spm） I（抑制子） Spm（转座抑制子） En（增强子） Ds（解离因子） Ac（激活子） Mp（调控子） 转座子自主发生转座 需要自主元件 反式激活 自主