QTL基因定位技术-正式文件.doc

北京中科资环信息技术 研究院文件 中科资环发(2016)30号 植物数量性状基因定位各企事业单位： 植物育种中大多数重要的农艺和经济性状如产量、品质、生育期、抗逆性等都是数量性状(Quantitative Traits)，研究数量性状对农作物的遗传改良具有重要的意义，长期以来，人类一直寻求解释植物数量性状的遗传规律以便对其进行遗传操纵。与质量性状不同，数量性状受多基因控制，遗传基础复杂，且易受环境影响，表现为连续变异，表现型与基因型之间没有明确的对应关系。因此，数量性状的遗传研究比较困难，只能借助于数理统计的手段将控制数量性状的多基因系统作为一个整体来研究。现代分子生物技术的发展为植物数量性状基因的定位、分离等研究提供了条件。数量性状基因座(Quantitative Trait Loci; QTL)分析为研究解析数量性状的遗传结构提供了，成为遗传学研究的重要手段；在育种实践中，借助于QTL连锁的分子标记能够对QTL的遗传动态进行跟踪与选择，大大增强了人们对数量性状的遗传操纵能力，提高了育种对数量性状优良基因型选择的准确性和预见性。 北京中科资环信息技术研究院特举办植物数量性状基因定位培训班，让参训学员熟悉数量遗传学的基本概念基因定位遗传群体；基因定位统计方法；学习利用双亲衍生群体构建连锁图谱、进行连锁分析和利用自然群体进行全基因组关联分析，QTL。现将有关事宜通知如下： 2016年12月16日—12月19日 北京鸿基世业商务酒店 （时间安排：第一天报到、授课三天） 二、会议目标： 本会议将着重以下几个方面的培训：（1）掌握相关数量遗传学的原理、定位群体的特征、连锁图谱构建方法；（2）掌握数量性状基因定位原理及其统计学方法；（3）学会使用双亲衍生群体进行QTL定位的软件；（4）学会使用自然群体进行QTL定位的软件。 三、会议对象: 各高校和科研院所从事农业作物遗传育种、作物复杂性状遗传基础解析、分子育种、基因挖掘及其它相关领域教学和科研的工作者，硕士、博士研究生，以及各省市、自治区农业科技推广部门的技术人员。 四、主讲专家： 主讲专家来自著名高校及科研机构的高级专家，拥有丰富的科研及工程技术经验，长期从事数量遗传学特别是数量性状基因定位的科研和教学工作，具有资深的技术底蕴和专业背景。 主办单位：北京中科资环信息技术研究院 二零一六年十一月二十一日 课程大纲 方式 课程 内容 第一天 上午 讲课 实操 第一章连锁图谱构建 (理论和上机操作) 作图群体(作图群体构建F2, RIL, Backcross) 基因型数据（基因型数据获得方法，显性和共显性标记基因型读法） 连锁作图函数（双交换，符合系数，Haldane和Kosambi函数） 连锁图谱构建(数据格式和MAPMAKER的基本语句，上机训练) 第一天 下午 讲课 实操 第二章QTL定位 (理论和上机操作) 表型数据的基本统计分析（EXCEL分析均数标准差，t测验，F测验） QTL定位基本方法原理（单标记，区间作图和复合区间作图，LOD阈值的确定） QTL定位（WINQTLCart软件上机训练） 第二天 上午 讲课 实操 第三章 群体结构 (理论和上机操作) 群体结构（群体结构形成原因及其在关联分析中的噪音） 群体结构的分析方法（非连锁的全基因组标记基因型数据，无混合模型，混合模型等4种不同模型，群体数目的确定方法）。 STRUCTURE软件的实际操作（数据格式，及基本分析方法）， 第二天 下午 讲课 实操 第4章 关联分析 (理论和上机操作) 关联分析的基本原理 GLM方法 MLM方法 TASSEL软件的基本方法 数据案例分析练习 第三天 上午 讲课 实操 第五章 大数据分析 第一节GBS数据的连锁图谱构建 第二节 GBS数据的QTL分析 第三节R语言作图（Manhattan和QQ plot） 第四节 关联分析 第三天 下午 讲课 第6章 相关结果的解释、深挖和答疑 第一节QTL定位结果的整理（遗传效应，贡献率，多基因模型的意义以及遗传改良中的指导意义） 第二节 关联分析结果的整理（遗传效应，贡献率和关联信号位置附近的LD衰退程度，异常情况的解读） 第三节 关联分析结果的可信性支撑证据（其他数据的支撑，突变体，表达谱分析，SNP类型） 第四节 MAGIC群体的优势（无结构，多等位基因，SNP和HAPLOTYPE关联分析） 五、会议方式: 1、课程讲座；2、专题小组研讨与案例讲解分析结合；3、实际操作 六、会议费用：3900