蛋白质三维结构王镜岩生物化学全.ppt

蛋白质的空间结构 第一节  稳定蛋白质三维结构的作用力 稳定蛋白质三维结构的作用力主要是一些非共价键或次级键，包括氢键、范德华力、疏水作用和盐键(离子键)。 此外二硫键在稳定某些蛋白质的构象方面也起着重要作用 三维结构中的作用力 包括二硫键、氢键、盐键、疏水作用力、范德华力 氢键-侧链间形成 疏水键 “非极性基团被极性水分子排挤相互聚拢”作用力。 键 能 肽键 二硫键 离子键 氢键 疏水键 范德华力 一、氢键 (hydrogen bond) 氢键是稳定蛋白质二级结构的主要作用力。氢键的形成情况：多肽的羰基氧和酰胺氢之间形成的氢键，除此之外，氢键还可以在侧链与侧链、侧链与介质水、主链肽基与侧链或主链肽基与水之间形成。 大多数蛋白质所采取的折叠策略是使主链肽基之间形成最大数目的分子内氢键(如α螺旋、β折叠片)，与此同时保持大多数能成氢键的侧链处于蛋白质分子的表面将与水相互作用 二、范德华力 (van der Waals force) 狭义的范德华力指是非极性分子或基团瞬时偶极间的静电相互作用，所以是一种很弱的作用力。 实际上范德华力包括引力和斥力两种相互作用。非共价键合原子或分子相互挨得太近时，由于电子云重叠，将产生范德华斥力。 虽然就其个别来说范德华力是很弱的，但是相互作用数量大并且具有加和效应，因此就成为一种不可忽视的作用力。 三、疏水作用(熵效应) （Hyphobic interaction） 水介质中球状蛋白质的折叠总是倾向于把疏水残基埋藏在分子的内部。这一现象被称为疏水作用或疏水效应，它在稳定蛋白质的三维结构方面占有突出地位。疏水作用其实并不是疏水基团之间有什么吸引力的缘故，而是疏水基团或疏水侧链出自避开水的需要而被迫接近。 四、盐键 盐键又称离子键，它是正电荷与负电荷之间的一种静电相互作用。在生理pH下，蛋白质中的酸性氨基酸(Asp和Glu)的侧链可解离成负离子，碱性氨基酸(Lys和His)的侧链可离解成正离子。产生静电相互作用 在多数情况下这些基团都分布在球状蛋白质分子表面，而与介质水分子发生电荷—偶极之间的相互作用，形成排列有序的水化层，这对稳定蛋白质的构象有着一定的作用。 五、二硫键 第二节 多肽主链折叠的空间限制 一、酰胺平面与二面角 酰胺平面：肽键具有部分双键性质，不能自由旋转；主链肽基成为刚性平面，称酰胺平面。 平面内C＝O与N—H呈反式排列，各原子间有固定的键角和键长(图)。 四肽的结构 第三节  蛋白质的二级结构 一般认为，驱动蛋白质折叠的主要动力是熵效应。折叠的结果是疏水基团埋藏在蛋白质分子内部，亲水基团暴露在分子表面。形成疏水核心的同时，高度亲水的主链也有一部分被埋在里面，因此这些极性基团也都形成氢键 (１) α－螺旋（α－helix） (２) β－折叠（β-pleated sheet） (３) β－转角（β-turn） (４) 无规则卷曲（nonregular coil） （一）、α螺旋(α—helix) α螺旋是蛋白质中最常见、最典型、含量最丰富的二级结构元件 1. α螺旋的结构特点 （1）α螺旋是一种重复性结构，每圈螺旋占3.6个氨基酸残基，沿螺旋轴方向（螺距）上升0.54 nm，每个残基绕轴旋转100。。 (2) 残基的侧链伸向外侧; 链中的全部C=0 和N-H几乎都平行于螺旋轴。 (3) 肽链上所有的肽键都参与氢键的形成。第一个氨基酸残基的C=0 与第五个氨基酸残基的N-H形成氢键，由氢键封闭的环是13元环， 因此α-螺旋也称3.613-螺旋 (4) α-螺旋中所有氢键都沿螺旋轴指向同一方向。每一肽键具有由N—H和C＝O的极性产生的偶极矩。因为这些基团都是沿螺旋轴排列，所以总的效果是螺旋本身也是一个偶极矩，相当于在N—末端积累了部分正电荷，在C—末端积累了部分负电荷。 (5) 蛋白质中的α螺旋几乎都是右手螺旋的构象，右手的比左手的稳定。因为右手构象空间位阻较小，比较符合立体化学的要求，因而在肽链折叠中容易形成。（207页底） （6）α螺旋是有规则的构象，在折叠形成螺旋时具有协同性。一旦形成了一圈α螺旋，随后逐个残基的加入变得容易而快速，这是因为第一个螺圈成为相继螺圈形成的模板。 2．影响α螺旋形成的因素 一条肽链能否形成α螺旋，以及形成的螺旋是否稳定，与它的氨基酸组成和序列有极大的关系。 （1）R基团的影响 A.带电性 多聚丙氨酸，在pH=7的水溶液中能自发地卷曲成α螺旋。但是多聚赖氨酸在同样的pH条件下却不能形成α螺旋，而是以无规卷曲形式存在。这是因为多聚赖氨酸在pH= 7时R基具有正电荷，彼此