基于复杂网络的随机森林算法预测氨基酸突变对蛋白质稳定性的影响.pdfVIP

第 23卷第 5期 化 学 研 究 与 应 用 Vo1．23，No．5 2011年5月 ChemicalResearchandApplication May，2011 文章编号：1004—1656(2011)05-0554-05 Complexnetwork·basedrandom forestalgorithm forpredictingthe impactofaminoacidmutationonproteinstability FANGZheng，LIYi·zhou，XIAOJia—min，LTGong—bing，WENZhi—ning’，LIMeng·long (CollegeofChemistry，SichuanUniversity，Chengdu610064，China) Abstract：Proteinstabilitychangesbysingleaminoacidsubstitutionsareimportantfortheunderstandingoftherelationshipbetween proteinstructureandfunction．Previouspredictionmodelswereconstructedusingproteinsequenceandsturcturalcharacteristicsto predictthechangeoffreeenergystabilityonmutant．Suchmodelswerealsovaluableofrdesigningandengineeringnew proteins．In thisstudy，wepresentedarandom forestalgorithm combinedwithproteinnetworktopologypropertiestopredictthechangeoffree energystabilitycausedbythesinglepointmutation．Aminoacidresiduesaroundamutationwerealsoappliedtocharacterizeitsen— vironment．Thismethodachievedtotalpredictionaccuracy(ACC)of0．86andMatthew’Scorrelationcoefficient(MCC)of0．67， whichareslightlyhighertothosereportedpreviously． Keywords：aminoacidmutation；proteinstba ility；random forest；complexnetwork 基于复杂网络的随机森林算法预测氨基酸突变 对蛋 白质稳定性的影响 方 正，李益洲，肖嘉敏，李功兵，文志宁 ，李梦龙 (四川大学化学学院，四川 成都 610064) 摘要：利用机器学习方法对单个氨基酸突变引起的蛋白质稳定性变化进行精确地预测 ，对蛋白质的结构和功 能方面的研究具有重要的价值 ，并且x寸设计新的蛋白质及蛋白质工程学具有一定的指导意义。通过对蛋白质 网络拓扑特征的研究，发现网络拓扑特征对于蛋白质突变稳定性影响具有较高的准确率。基于蛋白质网络拓 扑特征的随机森林算法 ，能较好的对蛋白质簟点突变所造成 的稳定性改变进行预测，总准确率达到 86％， MCC值达到0．67，并优于文献报道的预测结果。 关键词：氨基酸突变；蛋 白质稳定性；随机森林；复杂网络 中图分类号：0657 文献标识码：A Thepotentialfieldsin which thesite．directed actions sites，enzymology，the transformation ofthe mutagenesiscanbeappliedisverybroad，suchasthe enzymeactivityandkineticprop