蛋白质-RNA相互作用界面预测与设计.pdfVIP

物理化学学~(WuliHuaxueXuebao、 2390 Acta尸 ．一Chim．Sin．2012，28(10)，2390—2400 October [Review] doi：10．3866／PKU．WHXB201209111 www．whxb．pku．edu．cn 蛋白质一RNA相互作用界面预测与设计 黄阳玉 阳秀凤 李昊田 纪晓峰 程洪礼 赵蕴杰 郭大川 李 林 刘士勇 (华中科技大学物理学院生物分子物理与模建小组，武汉430074) 摘要： 蛋 白质-RNA之间的相互作用是蛋 白质在细胞里面行使功能的重要方式之一．结构生物学家利用实验 手段可以得到蛋白质．RNA复合物的三维结构，通过原子水平的晶体结构来解释蛋白质与RNA的识别过程．但 实验取得蛋 白质．RNA的复合物结构非常困难，耗钱、耗时，同时受限于其相互作用强度．因而利用理论的方法 对蛋 白质一RNA相互作用界面进行预测与设计在生物医学研究中十分重要．本文主要综述了近期蛋白质一RNA 相互作用界面预测与设计方面的进展，包括以下几个方面：(1)蛋白质-RNA分子对接算法以及对接前后存在的 构象变化的处理：(2)蛋白质．RNA识别机制的研究；(3)基于蛋白质一RNA相互作用界面的分子设计．蛋白 质-RNA分子对接算法逐步完善将有助于我们对大量未知功能的蛋白质与RNA进行功能注释，而基于生物大 分子相互作用界面的分子设计将在药物设计领域中有广阔的应用前景． 关键词： 蛋白质一RNA相互作用： 分子对接：界面设计：复合物结构预测 中图分类号：0641 Protein-RNA InteractionInterfacePredictionandDesign HUANG Yang-Yu YANG Xiu--Feng LIHao-Tian JIXiao--Feng CHENG Hong--Li ZHAOYun—Jie GUODa-Chuan LILin LIUShi—Yong tBiomolecularPhysicsandModelingGroup．SchoolofPhysits．HuazhongUniversityofScienceandTechnology, Wuhan430074,PR．China) Abstract： RNA—proteininteractionsplaykeyrolesinmanybiologicaIprocesses．ThethreedimensionaI (3D)structureofprotein-RNA complexescanbedeterminedexperimentallybystructuralbiologists．The recognitionbetween protein andRNA canbe understood from the 3D atomic structure．However,the structure determinationofprotein．RNA complexesbyexperimentalmethods iSoftendifficultand costly， andIimitedtothebinding strength．Thus．thepredictionanddesignofprotein-RNA complexstructuresiS impo~antinbiologicalmedicaIresearch．Inthisreview．wewilIdiscusstherece