基于分区贝叶斯法和最大似然法的鲤科鱼类系统发育分析及其系统学意义.pdfVIP

中国科学: 生命科学 2012 年 第42 卷 第8 期: 648 ~ 661 SCIENTIA SINICA Vitae SCIENCE CHINA PRESS 论 文 基于分区贝叶斯法和最大似然法的鲤科鱼类系统 发育分析及其系统学意义 ① ① ① ② ①* 王绪祯 , 甘小妮 , 李俊兵 , MAYDEN Richard L. , 何舜平 ① 中国科学院水生生物多样性与保护重点实验室, 中国科学院水生生物研究所, 武汉 430072; ② Department of Biology, Saint Louis University, Saint Louis, Missouri 63103-2010, USA * 联系人: E-mail: clad@ 收稿日期: 2012-04-25; 接受日期: 2012-07-16 国家自然科学基金(批准号: 、中国科学院知识创新工程(批准号: KSCX2-EW-Q-12)和美国自然科学基金(批准号: EF-0431326) 资助项目 摘要 鲤科是淡水鱼类中最大的科, 但其高阶元类群之间的系统发育关系目前尚不明确. 关键词 本研究选择核基因组中的重组活化基因2、线粒体基因组中的16S rRNA 基因和细胞色素b 鲤科 系统发育 基因作为遗传标记, 重建鲤科鱼类的系统发育关系. 研究结果显示, 分区策略对解决鲤科鱼 分子时间估算 类的系统发育关系和提升其节点支持率并没有显著效果, 因此在所有分析中, 不分区策略 分区分析 是最佳选择. 贝叶斯分析结果显示, 鲤科中单系类群间关系为: (鲤亚科, 野鲮亚科), ((鱊亚 科, ((雅罗鱼亚科, 丁鱥亚科), 鮈亚科)), 鲴亚科). 分化时间估算表明, 鲤科鱼类的主要类群 的分化集中在渐新世晚期到中新世晚期. 本研究中的系统发育分析结果有助于促进对鲤科 鱼类进化历史的认识. 鲤科(Cyprinidae)是淡水鱼类中最大的科, 约 220 然而, 形态学研究在鲤科亚科的数目及其单系性等 属 2420 [1] 关键问题上并未取得一致, 因此对人们了解鲤科鱼 种 . 鲤科鱼类物种数目众多, 分布范围广, 外部形态差异非常显著, 这都使得鲤科鱼类的分类 类科下阶元间关系的帮助十分有限. 继陈湘粦等人[8] 学研究比较困难[2], 对其进行分支分析也是一项具有 报道了鲤科亚科间关系的分支系统学研究结果后, 挑战性的工作. Hensel[3] 已经就鲤科鱼类的分类学历史 Cavender 和 Coburn[9] 以及Howes[2]也对鲤科鱼类进行 做过了详细描述. 基于形态学或解剖学性状, 分类学 过分类, 而且都包括了单型属——丁鱥属(Tinca). 就 家们识别出了数目不同的亚科[2,4~8], 但对亚科间的系 丁鱥亚科(Tincinae) 、波鱼亚科(Rasborinae)和鮈亚科 统关系缺乏了解. 因为这些亚科的定义通常比较模 (Gobioninae) 的系统位