基于计算机辅助水解的中药大豆寡肽的ETA拮抗活性预测.pdf

2017年2月l第42卷第4期 恩曼药焘盍 V。1．42，N。．4IFebru 20l7 基于计算机辅助水解的中药大豆寡肽的 ETA拮抗活性预测 乔连生，蒋芦获，雒刚刚，路芳，陈艳昆，王灵芝 ，李贡宇，张燕玲 (北京中医药大学 中药学院 中药基础与新药研究重点实验室，北京 100102) [摘要] 中药寡肽是中药发挥药效的关键组分之一，系统地研究中药寡肽的组成及其药效是中药物质基础及作用机制研究 的关键。该研究拟基于计算机辅助水解和分子对接等模拟技术 ，以中药大豆为研究载体，解析其降压寡肽成分，并预测其潜 在的内皮素受体A(endothelinreceptorA，ETA)拮抗活性。该文通过收集大豆中的储存蛋白序列，基于计算机辅助水解方法进 行蛋白的模拟消化水解 ，并将水解获得的寡肽构建虚拟结构数据库。随后该研究构建了ETA肽类拮抗剂的药效团模型，包括 1个疏水特征、1个负电中心 、1个芳环特征和5个排除体积。同时，利用同源模建方法构建ETA的蛋白三维结构模型，并将其 用于分子对接研究，采用一致性打分评价化合物的ETA拮抗活性。通过构建 ETA肽类拮抗剂的药效团模型、同源模建的三 维蛋 白结构以及分子对接模型，共预测获得 27条可能具有潜在 ETA拮抗活性的寡肽分子。该文进一步分析关键氨基酸 GLN165，并结合文献，说明其对拮抗剂活性的重要性。计算机辅助水解方法可以高效地对已知序列结构的中药蛋白进行模拟 水解，结合分子模拟模型，能进一步辨识 中药寡肽潜在的生物学活性。该研究为快速、高效开展中药来源的肽类物质的活性 机制研究提供了方法学依据。 [关键词] 计算机辅助水解 ；寡肽；大豆；内皮素受体A；药效团；同源模建；分子对接 PredictionofETA oligopeptidesantagonistsfrom Glycinemax basedonin silicoproteolysis QIAOLian—sheng，JIANGLu—di，LUOGang—gang，LUFang，CHENYan—kun，WANGLing—zhi， LIGong—yu，ZHANG Yan—ling (KeyLaboratoryofTraditionalChineseMedicineFoundationandNewDrugResearch，Schoolo／’ ChineseMaterialMedica，BeijingUniversityofChineseMedicine，Beijing100102，China) [Abstract] OligopeptidesareoneofthethekeypharmaceuticaleffectiveconstituentsoftraditionalChinesemedicine(TCM)．Sys— tematicstudyoncompositionandefficacyofTCM oligopeptidesisessentialfortheanalysisofmaterialbasisandmechanism ofTCM．In thisstudy，thepotentialanti—hypertensiveoligopeptidesfromGlycinemaxandtheirendothelinreceptorA (ETA)antagonisticactivity werediscoveredandpredictedbasedoninsilicotechnologies．MainproteinsequencesofG．maxwerecollectedandoligopeptideswere obtainedusinginsilicogastrointestinaltractproteolysis．Then，thepharmacophoreofETAantagonisticpeptideswasconstructedandin— cludedonehydrophobicfeature，oneionizablenegativefeature，onering arom