LECTURE-5-种下数据方法.ppt

基因流估计 Templeton法常称为嵌套进化枝分析（nested clade analysis），该法将地理分布信息叠加到基因谱系上，采用严密的统计学方法来检验地理分布与基因谱系的关联强度，并由此来解释造成这种原因的进化过程。 具体做法是：首先，采用统计简约法建立无根支序图（cladogram），从这个基因树上可以形成一系列的嵌套的进化枝。然后，将地理信息叠加到支序图上，计算出进化枝距离（clade distance，Dc）和嵌套进化枝距离（nested clade distance，Dn）。进化枝距离Dc是从进化枝地理中心到各进化枝成员的平均空间距离（km），而嵌套进化枝距离是嵌套进化枝地理中心到嵌套进化枝各成员之间的平均空间距离。最后，采用排列检验（permutation test）确定对这种模式的支持度。 从基因谱系估计群口历史 Grant and Bowen（1998）通过比较mtDNA单倍型和核苷酸多态性（nucleotide diversity）作为估算群口历史（demographic）的方法 5. 种界确定 种界确定问题 系统生物学的两大主要任务就是为物种定界和重建它们的系统发育关系 。 超越主观判断，发展种界确定的客观操作方法一直都是一个挑战。传统分类学家用宏观的形态学数据来为物种定界；之后随着分子生物学技术的发展，分子数据也逐步应用到种界确定上来，最近，很