人宫颈癌基因蛋白B细胞表位及其HLA限制性细胞毒性T细胞表位预测分析论文.docVIP

　　人宫颈癌基因蛋白B细胞表位及其HLA限制性细胞毒性T细胞表位预测分析论文 刘安定 杨燕 李方和 陆蒙吉 龚非力 杨东亮 【摘要】 目的： 预测人宫颈癌基因（human cervical cancer oncogene, HCCR）蛋白的二级结构, B细胞表位及其HLAA,B限制性细胞毒性T细胞表位. 方法： 综合分析二级结构、亲水性、柔韧性、表面可及性与抗原性指数，预测HCCR蛋白的B细胞抗原表位；利用BIMAS，SYFPEITHI和NetCTL方法预测分析其HLAA*0201限制性CTL表位，运用NetCTL方法对HLAA的其他等位基因和HLAB限制性CTL表位进行预测分析. 结果： HCCR蛋白的二级结构主要由α螺旋结构组成，B细胞优势表位位于N端第41～53，216～228，310～325和355～360区段; 预测得到5个HLAA*0201限制性CTL优势表位分别为YLVFLLMYL（152～160），YLFPRQLLI（159～167）.freelan cervical cancer oncogene (HCCR) protein. METHODS: The secondary structure ethods of Proteus and SOPMA. The hydrophilicity, surface probability, flexibility and antigenic index ethods of KyteDoolittle, Emini, KarplusSchultz and Jamesonethods,.freelainly posed of α helix. The B cell epitopes inal No.41-53,216-228,310-325 and 355-360 regions. And the five predominant HLAA*0201restricted T cell epitopes ain of protein. CONCLUSION: Prediction of the epitopes of HCCR protein can provide a basis for production of the monoclonal antibody and development of some promising antigen peptides for tumor vaccines. 【Keys; oncogene proteins; epitopes, BLymphocyte; CTL epitopes 0引言 人宫颈癌基因（human cervical cancer oncogene, HCCR）是近年来发现的与多种肿瘤相关的基因，HCCR可能作为抑癌基因p53的负调控因子，引起肿瘤的发生［1］. 其编码的蛋白可以作为一种重要的肿瘤标志物，在监测和诊断肝细胞癌、乳腺癌、结肠直肠癌等肿瘤方面具有重要的意义，是一种极为灵敏的指标［2-4］. HCCR蛋白在肿瘤治疗中可以作为一个重要的靶位点［5］. 但到目前为止, 人们对其蛋白特性及其表位生物学了解甚少. 我们根据人HCCR蛋白质的氨基酸序列，采用免疫信息学，在方法学比较的基础上，联合运用多种方法对HCCR蛋白的二级结构、B细胞表位及其HLAA，B限制性细胞毒性T细胞表位进行预测分析. 旨在为进一步鉴定其表位，研制单克隆抗体和基于HCCR抗原的肿瘤免疫学治疗奠定基础. 1材料和方法 1.1材料 HCCR蛋白的氨基酸全长序列从NCBI网站上获取（GenBank accession no. AAK34885），含有360个氨基酸，相对分子质量为41 803. 1.2方法 1.2.1HCCR蛋白二级结构预测采用Proteus［6］，SOPMA［7］蛋白质结构预测服务器分别预测HCCR蛋白的二级结构. 1.2.2HCCR蛋白B细胞抗原表位的多参数预测按KyteDoolittle方案预测氨基酸亲水性; Emini方案预测蛋白质的表面可及性； KarplusSchultz方案预测蛋白质的柔韧性；JamesonAS，SYFPEITHI和NetCTL［8］预测服务器，分别对HCCR蛋白HLAA*0201限制性细胞毒性T细胞表位进行预测，然后按文献［9］的方法，同时结合NetCTL预测结果，综合分析HCCR蛋白HLAA*0201限制性细胞毒性T 细胞表位. 1.2.5HCCR抗原HLAA的其他等位基因和HLAB限制性CTL表位的预测运用NetCTL在线预测服务器对HCCR抗原HLAA的其他等位基因和HLAB限制性CTL表位进行预测和分析. 2结果