苹果MdGLRs家族基因生物信息学鉴定和表达分析.pdfVIP

园 艺 学 报 2012 ，39 （3 ）：425 –435 http: // www. ahs. ac. cn Acta Horticulturae Sinica E-mail: yuanyixuebao@126.com 苹果 MdGLRs 家族基因生物信息学鉴定和表达 分析 * * 罗 华，胡大刚，张连忠 ，郝玉金 （山东农业大学园艺科学与工程学院，国家苹果工程技术研究中心，农业部黄淮地区园艺作物生物学与种质创制重 点实验室，山东泰安 271018 ） 摘 要：利用生物信息学策略对苹果 MdGLRs 家族基因编码蛋白的氨基酸序列的基本特征、二级结 构、跨膜区域、亲疏水性、基因亚细胞定位及保守结构域进行了预测和分析，与拟南芥AtGLRs 家族的 20 个基因进行了氨基酸序列比对和进化树分析，并对这些基因在不同营养生长器官中进行了表达分析。结 果表明，苹果 MdGLRs 家族包含 32 个基因，分为 3 个亚族，大部分基因编码 800 个氨基酸以上，多含有 3 个跨膜区域，二级结构主要以 α–螺旋、无规则卷曲、折叠延伸链为主；亚细胞定位预测发现，MdGLRs 蛋白主要定位在内质网和质膜上；MdGLRs 蛋白的保守结构域是 S1-M1-M2-M3-S2-M4；大多数基因在根、 茎、叶中普遍都有表达，在叶中的表达量最高。 关键词：苹果；谷氨酸受体；MdGLRs 家族基因；序列分析；生物信息学；表达分析 中图分类号：S 661.1 文献标识码：A 文章编号：0513-353X （2012 ）03-0425-11 Bioinformatics and Expression Analysis of Apple MdGLRs Genes Family * * LUO Hua ，HU Da-gang ，ZHANG Lian-zhong ，and HAO Yu-jin （College of Horticultural Science and Engineering，Shandong Agricultural University ，State Key Laboratory of Crop Science ，Key Laboratory of Biology and Genetic Improvement of Horticultural Crops （Huanghuai Region ），Ministry of Agriculture ，Tai’an，Shandong 271018 ，China ） Abstract ：Secondary structure，transmembrane region ，hydrophobicity/ hydrophilicity ，subcellular localization and conserved structure domains of MdGLRs proteins were predicted and analyzed with bioinformatics methods ，alignment of amino acid sequences and phylogenetic analysis. The expression of MdGLRs genes was analyzed in different vegetative organs with semi-quantitative RT-PCRs. The results showed that MdGLRs family contained 32 genes，which was further divided into 3 sub-families. Most MdGLRs protein contained more than 800 ami