蛋白质结构的分析_免费下载.pptVIP

蛋白质结构的四个基本层面 二、蛋白质结构分类数据库 描述了结构和进化关系。 SCOP数据库从不同层次对蛋白质结构进行分类，以反映它们结构和进化的相关性。 第一个分类层次为家族，通常将序列相似性程度在30%以上的蛋白质归入同一家族，有比较明确的进化关系。 超家族：序列相似性较低，结构和功能特性表明它们有共同的进化起源，将其视作超家族。 折叠类型：无论有无共同的进化起源，只要二级结构单元具有相同的排列和拓扑结构，即认为这些蛋白质具有相同的折叠方式。在这些情况下，结构的相似性主要依赖于二级结构单元的排列方式或拓扑结构。 蛋白质结构分类数据库CATH 类型Class、构架Architecture 、拓扑结构Topology和同源性Homology 。 分类基础是蛋白质结构域。与SCOP不同的是，CATH把蛋白质分为4类，即a主类、b主类，a-b类（a/b型和a+b型）和低二级结构类。低二级结构类是指二级结构成分含量很低的蛋白质分子。 CATH数据库的第二个分类依据为由α螺旋和β折叠形成的超二级结构排列方式，而不考虑它们之间的连接关系。 NMR 和X射线晶体学是能够在原子水平上揭示蛋白质和其他生物分子三维结构的仅有的两种技术。 x 射线方法能给出高分辨率的图像，但需要晶体，而 NMR 方法能研究溶液中的蛋白质结构，只要提供一定浓度的溶液（对一个15 x 103 蛋白质约 15mg / ml ）。而且 NMR 谱还能提供大量有关动态的信息。实践证明，用这两种方法测得的三维结构非常接近。因此NMR和X射线技术在研究蛋白质结构方面彼此可以很好的互补。 蛋白质结构测定大大丰富了人们对自然界的了解，目前共有20413个蛋白质的结构得到测定，其中x-ray 结构17653个， NMR结构2760个。 一、同源模型化方法 同源模型化方法，是蛋白质三维结构预测的主要方法。 主要思想： 对于一个未知结构的蛋白质，找到一个已知结构的同源蛋白质，以该蛋白质的结构为模板，为未知结构的蛋白质建立结构模型。 依据： 任何一对蛋白质，如果两者的序列相似部分超过30%，则它们具有相似的三维结构，即两个蛋白质的基本折叠相同，只是在非螺旋和非折叠区域的一些细节部分有所不同。 五、蛋白质结构预测发展趋势 1997年，美、欧、加、日科学家提出“结构基因组（structure genomics）计划”。 目标：通过实验和计算的手段弄清每一个基因产物的结构与功能。 蛋白质结构分类数据库SCOP和CATH 蛋白质结构分类是蛋白质结构研究的一个重要方向。蛋白质结构分类数据库，是三维结构数据库的重要组成部分。蛋白质结构分类可以包括不同层次，如折叠类型、拓扑结构、家族、超家族、结构域、二级结构、超二级结构等。已经上网的蛋白质分类数据库很多，此处简单介绍两个主要的蛋白质结构分类数据库SCOP和CATH。 ? SCOP分类数据库 蛋白质结构分类数据库SCOP（Structural Classification Of Proteins）是由英国医学研究委员会（Medical Research Council，简称MRC）的分子生物学实验室和蛋白质工程研究中心开发和维护。该数据库对已知三维结构的蛋白质进行分类，并描述了它们之间的结构和进化关系（Murzin等, 1995）。鉴于目前结构自动比较程序尚不能可靠地鉴别所有的结构和进化关系，SCOP数据库的构建除了使用计算机程序外，主要依赖于人工验证。由于蛋白质结构种类繁多，大小不一，有的只有一个结构域，有的则有许多结构域组成，构建结构分类数据库是一项十分复杂的工作。对于某些蛋白质，有时需要同时从单个结构域和多个结构域水平加以考虑。 SCOP数据库从不同层次对蛋白质结构进行分类，以反映它们结构和进化的相关性。可以把蛋白质分成许多层次，但通常将它们分成家族，超家族和折叠类型。当然，不同层次之间的界限并不十分严格，但通常层次越高，越能清晰地反映结构的相似性。 家族 SCOP数据库的第一个分类层次为家族，其依据为序列相似性程度。通常将相似性程度在30%以上的蛋白质归入同一家族，即它们之间有比较明确的进化关系。当然这一指标也并非绝对。某些情况下，尽管序列的相似性低于这一标准，例如某些球蛋白家族的序列相似性只有15%，也可以从结构和功能相似性推断它们来自共同祖先。 超家族：如果序列相似性较低，但其结构和功能特性表明它们有共同的进化起源，则将其视作超家族。 折叠类型：无论有无共同的进化起源，只要二级结构单元具有相同的排列和拓扑结构，即认为这些蛋白质具有相同的折叠方式。在这些情况下，结构的相似性主要依赖于二级结构单元的排列方式或拓扑结构。 SCOP数据库可以通过MRC实验室的网络服务器查询 ? CATH蛋白质结构分类数据库 CA