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乙肝肝硬化患者肠道微生物宏基因组学的研究论文
目 录
缩略词表 1
摘 要 2
Abstract 5
前 言 9
第一部分 肠道菌群宏基因组 DNA 的基因数据产出 13
1.1 材料与方法 13
1.1.1 实验仪器与试剂 13
1.1.2 实验步骤 15
1.2 结果及讨论 20
1.2.1 研究对象的基本信息 20
1.2.2 测序结果及数据处理 20
1.2.3 基因比对结果 24
1.2.4 稀释分析结果 26
1.3 小结 27
第二部分 肝硬化患者和正常人肠道菌群结构及差异分析 28
2.1 分析方法 28
2.1.1 主成分分析 28
2.1.2 显著差异基因的检验及物种注释 28
2.1.3 显著差异种属的荧光定量 PCR 验证 29
2.2 结果及讨论 31
2.2.1 肝硬化患者与正常人肠道菌群结构分析 31
2.2.2 肝硬化患者和正常人肠道菌群的主成分分析 49
2.2.3 基于显著差异基因的物种注释及分析 51
2.2.4 显著差异种属的荧光定量 PCR 验证结果 53
2.3 小结 53
第三部分 肝硬化患者和正常人肠道菌群功能及代谢分析 55
3.1 分析方法 55
3.1.1 功能及代谢注释的方法 55
3.1.2 胆汁酸代谢分析的方法 56
3.2 结果及讨论 56
3.2.1 肝硬化患者和正常人肠道菌群功能及代谢组成分析 56
3.2.2 显著差异基因的功能代谢注释及分析 59
3.2.3 肝硬化患者肠道菌群的胆汁酸代谢分析 60
3.3 小结 61
第四部分 肝硬化患者肠道微生物特有基因分析 62
4.1 分析方法 62
4.1.1 特有基因的组装及基因预测 62
4.1.2 特有基因的物种及功能代谢注释方法 62
4.2 结果及讨论 62
4.2.1 肝硬化患者特有基因预测结果 62
4.2.2 肝硬化患者特有基因的物种注释 62
4.2.3 肝硬化患者特有基因的功能注释及分析 64
4.3 小结 66
讨 论 67
全文总结 70
参考文献 71
综 述 74
附表一 88
附表二 92
发表文章 98
个人简历 110
硕士在读期间发表的文章 111
致 谢 113
乙肝肝硬化患者肠道微生物宏基因组学的研究 缩略词表
缩 略 词 表
英文缩写 英文全称 中文
BMI Body Mass Index 身体质量指数
BSH Bile salt hydrolase 胆酸盐水解酶
Clusters of Orthologous Groups of
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