单晶结构解析加氢绘图问题解答.doc

通常，H原子的处理方法作者要给出(1一般通过理论加H，其温度因子为固定值，可通过INS等文件查看(2) 水分子上H原子可通过Fourier syntheses得到(3检查理论加上的H原子是否正确，主要看H原子的方向。若不正确则删去再通过Fourier syntheses合成得到(4) 检查H原子的键长、键角、温度因子等参数是否正常。通过检查分子间或分子内的H键是否合理最易看出H键的合理性(5) 技巧：有时通过Fourier syntheses得到的H原子是正确的，可一计算其温度因子等参就变得不正常，则可以固定其参数后再精修（如在INS中的该H原子前用afix 1,其后加afix 0（6）各位来说说方法与心得？ 胡老师，下面的问题怎么解决啊？谢谢您。220_ALERT_2_B Large Non-Solvent　　C　　 Ueq(max)/Ueq(min) ...　3.70 Ratio　　 222_ALERT_3_B Large Non-Solvent　　H　　 Ueq(max)/Ueq(min) ...　　　 4.97 Ratio342_ALERT_3_B Low Bond Precision on C-C bonds (x 1000) Ang ...　　　　 49 在XP中画图时，只有一部分，想长出另外的对称部分。我是envi完了，然后sgen长出来的，可是和symm显示的对称信息不一样。比如：我根据envi的结果用sgen O1 4555得到的是O1A而不是O1D，这跟文献中标注的不一样啊，怎么统一呢？很困扰，忘达人指教。 xp里是按顺序编号的，第一个sgen出的的统一为A,依次标号。你如果想一开始就统一D的话，重新name一下 高氯酸根怎么精修呀？我用的SHETXL6.1版的，最好告诉我怎么用其中的XSHELL来做，我觉得他好用！ Method 1?DFIX Method 2?SADI Sadi 0.01 Cl1 O1 Cl1 O2 Cl1 O3 Cl1 O4 Sadi 0.01 O1 O2 O1 O3 O1 O4 O2 O3 O2 O4 O3 O4 5. 晶体的无序是怎么造成的呀，是晶体培养的问题吗？ 如果无序太多，在解单晶的时候怎么办？我指的是很多的点，没有结构，他们的峰值都大于了0.5 大于0.5没什么的，解完后都在1以下就可以了。特殊的比较大的在重原子附近也没有关系 比较确切的定义是单胞中你测定的或你设想的“化学式”的数目。在分子晶体中，Z 是分子数，在其它各类晶体中则为化学式个数。例如有机物一般是分子数目，离子晶体像 NaCL只好说化学式为4。晶体结构常有无序和缺位等，但给出非化学计量式后Z都是确定的。Z 的数字决定于你的化学式。三斜晶系的 P-1空间群的 Z多为 2。由于双聚等原因如将双聚体写成你的化学式，那么 Z就变为 1了。但是就拿这个三斜晶系来说，出现 Z为 4或 6的情况也是可能的。这时分子形成双聚或者三聚，而你指定的分子式只是个单体罢了。测定结构初期得到单胞以后，往往希望知道单胞中有几个分子,如你知道了或提出了化学式，从我们介绍的范氏半径或原字体积即可毛估这个为整数的 Z了，不必测密度就知道 Z是很有意义的，因分子式有误 Z将不会合理，你不愿试一试？ 从这个贴子了解到大家对 H的指定问题非常热中，只好再谈谈我的看法仅供大家参考了。我曾表白原则上 X光衍射不能准确测定 H的位置，现在我仍旧这样看而不太懂所谈经验。即使是低温也很困除非是做低温的中子衍射工作，不过眼下我们没有条件且无法短平快！在网上曾经提出过一些有助于寻找 H位置的想法，因为水在晶体中必定与周边形成氢键。可是如一位网友所说水处在对称中心的位置上时，那么可肯定 H呈无序分布无法指定的。反过来讲如果一个结构报告把 H参数都准确列出，我们可以认定这是一篇高水平的研究。理论加 H是基于分子几何构型指定 H的辅助方法，水和甲基等等都不是它可应付得来的。看来是介绍能量优化理论计算来指定 H的时候了，将请国武老师贴出两篇好文章供分享。有关的计算程序已在论文中列出并可在网上下载，希望这种“理论加氢”方法得以推广。参考文献1.　Z. Anorg. Allg. Chem., 2003, 629: 666-6722.　Acta Cryst., 2004, B60: 179-183从这个贴子了解到大家对 H的指定问题非常热中，只好再谈谈我的看法仅供大家参考了。我曾表白原则上 X光衍射不能准确测定 H的位置，现在我仍旧这样看而不太懂所谈经验。即使是低温也很困除非是做低温的中子衍射工作，不过眼下我们没有条件且无法短平快！在网上曾经提出过一些有助于寻找 H位置的想法，因为水在晶体中必定与周边形成氢键。