基于不同物种的热休克蛋白90的生物信息学分析.PDFVIP

第 １４卷 第３期 生 物 信 息 学 Ｖｏｌ．１４ Ｎｏ．３ 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 ２０１６年０９月 Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｓｅｐ． ２０１６ － ｄｏｉ：１０．３９６９／ ｊ．ｉｓｓｎ．１６７２ ５５６５．２０１６．０３．０２ 基于不同物种的热休克蛋白９０ 的生物信息学分析 ∗ 叶　 静，陈　 伟 ，金殿川 （华北理工大学理学院，河北 唐山０６３００９） 摘　 要：热休克蛋白９０ （Ｈｅａｔ ｓｈｏｃｋ ｐｒｏｔｅｉｎ ９０，Ｈｓｐ９０）是生物体受到刺激时发生应激反应而产生的一类应激蛋白。 Ｈｓｐ９０包 含Ｈｓｐ９０Ａ，Ｈｓｐ９０Ｂ，Ｈｓｐ９０Ｃ，ＴＲＡＰ 和ＨｔｐＧ５个亚家族。 本文采用生物信息学方法对所选１１个物种的Ｈｓｐ９０基因进行了分 析。 统计Ｈｓｐ９０亚家族在物种间的分布情况，验证了Ｈｓｐ９０亚家族在物种间的分布规律，即Ｈｓｐ９０Ａ 亚家族分布于除细菌外 的其他所有物种中，Ｈｓｐ９０Ｂ和ＴＲＡＰ１亚家族在物种间的分布无明显规律，Ｈｓｐ９０Ｃ亚家族只存在于植物中，ＨｔｐＧ亚家族大部 分存在于细菌中。 通过构建系统发育树，发现Ｈｓｐ９０ 家族在进化过程中具有保守性。 使用Ｃｅｌｌ⁃ＰＬｏｃ，ＳｕｂＬｏｃ ｖ１．０，ＰＳＯＲＴ ＩＩ 和ＭｕｌｔｉＬｏｃ 四种亚细胞定位软件对所选的１１个物种的Ｈｓｐ９０进行亚细胞定位分析，发现Ｈｓｐ９０Ａ，ＨｔｐＧ亚家族偏好出现在细 胞质中，Ｈｓｐ９０Ｂ 亚家族除存在于细胞质外还存在于内质网中，Ｈｓｐ９０Ｃ 亚家族则集中于细胞质和线粒体中，ＴＲＡＰ１亚家族基 本位于线粒体中。 关键词：热休克蛋白９０；系统发育树；基因结构；亚细胞定位 － － － 中图分类号：Ｑ８１１　 　 文献标志码：Ａ　 　 文章编号：１６７２ ５５６５（２０１６）０３ １３４ ０５ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｈｅａｔ ｓｈｏｃｋ ｐｒｏｔｅｉｎ ９０ ｆｒｏｍ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｓｐｅｃｉｅｓ ∗ ＹＥ Ｊｉｎｇ，ＣＨＥＮ Ｗｅｉ ，ＪＩＮ Ｄｉａｎｃｈｕａｎ （Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｎｏｒｔｈ Ｃｈｉｎａ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ＴａｎｇｓｈａｎＨｅｂｅｉ０６３００９，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｈｅａｔ Ｓｈｏｃｋ Ｐｒｏｔｅｉｎ９０ （Ｈｓｐ９０）ｉｓａｋｉｎｄｏｆｐｒｏｔｅｉｎｓｗｈｉｃｈａｒｅｐｒｏｄｕｃｅｄｕｎｄｅｒ ｓｔｒｅｓｓｅｓ．Ｈｓｐ９０ｉｎｃｌｕｄｅｓ ｆｉｖｅ ｓｕｂｆａｍｉｌｉｅｓ，ｎａｍｅｌｙ Ｈｓｐ９０Ａ，Ｈｓｐ９０Ｂ，Ｈｓｐ９０Ｃ，ＴＲＡＰ ａｎｄ ＨｔｐＧ．Ｉｎ ｔｈｉｓ ｐａｐｅｒ，ｔｈｅ Ｈｓｐ９０ ｇｅｎｅｓ ｆｒｏｍ １１ ｓｐｅｃｉｅｓ ｗｅｒｅ ａｎａｌｙｚｅｄ ｕｓｉｎｇ ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ｍｅｔｈｏｄｓ． Ｔｈｅ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎｓ ｏｆ Ｈｓｐ９０ ａｃｒｏｓｓ ｓｐｅｃｉｅｓ ｗｅｒｅ ｓｔｕｄｉｅｄ． Ｈｓｐ９０Ａ ｉｓｆｏｕｎｄ ｉｎ ａｌｌ ｔｈｅ ｓｅｌｅｃｔｅｄ ｓｐｅｃｉｅｓ ｅｘｃｅｐｔ ｆｏｒ ｂａｃｔｅｒｉａ． Ｈｓｐ９０Ｃ ｓｕｂｆａｍｉｌｙ ｉｓ ｏｎｌｙ ｐｒｅｓｅｎｔ ｉｎ ｐｌａｎｔｓ． ＨｔｐＧ ｓｕｂｆａｍｉｌｙ ｍｏｓｔｌｙ ｐｒｅｓｅｎｔｓ ｉｎ ｂａｃｔｅｒｉａ． Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｒｅｖｅａｌｅｄ ｔｈｅ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｏｎ ｏｆ Ｈｓｐ９０ ａｃｒｏｓ