一种土壤微生物总DNA的高效提取方法①.PDFVIP

DOI:10.13758/j.cnki.tr.2004.06.015 土 壤 (Soils), 2004, 36 (6): 662~666 一种土壤微生物总DNA 的高效提取方法① 1 1 2 1,2* 黄婷婷 曹 慧 王兴祥 崔中利 （1 南京农业大学农业部环境微生物工程重点开放实验室 南京 210095； 2 中国科学院南京土壤研究所 南京 210008 ） 摘 要 获得高浓度、大片段、多样性程度高的土壤微生物总DNA 是研究土壤微生物群落结构的分子 生态学基础。本文采用间接法(菌体细胞回收法)提取红壤地区两种土壤类型的土壤微生物总DNA，定量计算其 回收率，并与直接法(细胞原位裂解法) 比较了提取效率和纯度。结果表明：红壤地区2 种土壤每克干土的总DNA 提取量，间接法约为0.34 和0.53µg/g 干土，直接法约为 13.62 和24.32µg/g 干土；间接法的提取效率低于直接 法，但所得DNA 片段较大，且Sau 3A Ⅰ酶切和16 S rDNA 通用引物PCR 扩增结果显示，间接法比直接法更 能有效地去除土壤中的某些抑制剂，所得总DNA 的纯度更高，有利于后续操作。 关键词 土壤微生物；总DNA 提取；细胞回收；粗DNA 纯化 中图分类号 S154 土壤微生物生态系统极为复杂，在很大程度上 直接对样品进行裂解，然后从裂解物中获得DNA； 还是未知的。土壤微生物不仅是土壤中物质循环的 而间接法则是先从土壤中回收细胞再提取DNA 。和 驱动力，其代谢物也是植物的营养成分，其活动能 直接法相比，间接法获得的 DNA 分子量更大，纯 [1, 2] 直接影响到土壤的物理、化学性质 。可以说，土 度更高，但不可避免的，该法得到的 DNA 产率有 壤微生物生态系统是一个巨大的、潜在的科研和经 所降低。由于人们普遍认为较高的 DNA 得率更能 [10] 济价值远未得到开发的微生物资源库。目前可在实 代表大部分的土著微生物种群和遗传多样性 ，目 验室培养的微生物还不到自然界中微生物总数的 前进行基因文库构建时大多仍采用直接法提取土壤 1%，还有相当多的菌种因为无法人工培养而未被人 总 DNA 。但最近研究显示，直接法包含的高DNA [3] 类所认识 。随着分子生物学技术的发展，PCR 的 得率并不一定代表了种群的丰富度，并且序列的代 指纹技术、DNA 文库、FISH、Microarray 等技术被 表性也受到所采取的不同提取方法的影响，且有研 广泛应用于土壤微生物群落结构以及基因资源的开 究发现由直接法建立的基因文库中还包含了大量真 发利用，丰富拓展了人们对土壤中不可培养微生物 核生物的基因片段。由于真核生物基因增加基因文 [4, 5] 的认识 。 库的大小但其遗传信息并不能在原核宿主载体中表