GMOD通用生物模型数据库.pdfVIP

2012 年5 月 地歹， 2012 第 32 卷第5 期 GMOD: 通用生物模型数据库 Vol.32 No.S 行为，而其中数据库构架，中间程序和可视化软件的开发 格式规范。 本文对通用生物模型数据库 (GMOD).项目进行了系统 是重难点的所在。同时，使用不同的构架和语言建成的数 据库之间又很难进行数据交换，不伺机构数据流动的成本 整理和综合，详尽阐述了 GMOD 的发展过程、结构框架和 也很高。因此，在笃朋年秩， FlyBa回[3] 、sc;n[4] 、 Mω和 主要特点，并重点分析了α回扣. GBrowøe 和A词。3 个使用 S1 最多的 GMOD组件的结构和功能，最后对GMOD 组件的使 WormBasJ 4个已经在使用的大型生物数据库将各自的资 源进行整合，设计实现了一系列的开源可重用的应用程序， 用情况进行了整理、分析和总结，提供了一个比较详尽的 该项目被称为通用生物模型数据库项目(Generic陆对d 伽 使用 GMOD 组件的生物信息数据库清单。旨在借鉴国外较 伊nism 问abm田 (GMOD) ~严。[6J GMOD项目的目标是通 为成熟的数据库建设模式和工具，方便中国生物研究者设 o 计实现适合自己的数据库。同时希望通过降低不同数据库 过提供数据库基本模式和必要的软件工具，建立一个开放、 通用的数据库开发环榄[10) 。它提供了标准化的数据存储模 之伺的数据交换的成本，进-步促进各个研究者之间的交 式和规范的程序操作，可以使用户能够方便地建立和管理 流和合作，为中国生物信息研究的发展提供助力。 生物数据库[7) 。大到大型的网络社区数据库，如R归回I31 ， 1 GMOD 的结构框架 Worml圃田间，小到单物种的实验室数据库，如阳回回­ umDB[I] ，酝对iwiki[9]都是基于 GMOD 的相关工具构建完成， 大部分的创OD应用程序或工具都有一个比较相似的 并在相应领域发挥其重要的作用。 技术结构构架。最底层的是数据管理层，它用来存储和管 GMOD 的其他优势包括具有良好的可扩展性，能充分 理通过各个方式得到的生物信息数据。但对 GM∞来说， 利用开源的优势，群策群力，利用各个地区各个领域的人 它所谓的数据库是一个广义上的数据存储结构，它的数据 员来不断使用和完善这些软件，增添新的功能。加州伯克 来源可以是一个关系数据库，也可以是一个或者一系列文 利大学、华盛顿州立大学、克莱姆森大学基因组研究所等 件，甚至可以是网络上的其他数据资源。通过数据管理层 多家大学和机构都是GMOD 的使用者和贡献者。同时GM∞ 的相关工具对数据进行转化，从而形成统一的存储格式， 还为使用者提供了多种技术支持，除了每个软件有自己的使 方便生物学家进行数据交流与共事。 用说明. GMOD 团队