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14 《高性能计算发展与应用》 2012年第一期 总第三十八期 2011年上海超级计算中心基础科学用户研究进展  王 涛[编]上海超级计算中心 上海201203 twang@ 编者按： 上海超级计算中心魔方超级计算机全机系统2011年平均使用率为74.39%。全年为60个新 用户开设了魔方正式帐号，为77个新用户提供了魔方试用服务。截至2011年12月31日，魔方共 有使用活跃的正式用户帐号226个，用户来自全国28个省、直辖市和自治区。用户单位包括一 大批国家重点大学、中科院研究院所、重大装备制造企业、工程开发设计研究院等。同时， 2011年魔方超级计算机上用户的应用水平也有了显著的提高。1024核以上作业使用的机时占 全年机时超过20%。在整个2011年度，用户共发表了超过144篇被科学引文索引（SCI）收录的 论文（其中，Nature两篇），领域遍及物理、化学、天文、生物等各个基础科学方向。这些 论文的研究成果均为上海超级计算中心计算平台支持产生。本文在上述的140多篇论文里，精 选了在国际顶级刊物自然（NATURE）、美国化学会志（JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY）、物理评论快报（PHYSICAL REVIEW LETTERS）和能源与环境科 学（ENERGY ENVIRONMENTAL SCIENCE）上发表的7篇重要成果进行介绍，以方便广 大读者进一步了解高性能计算在基础科学领域内的应用。这些成果均为相关领域内的重要进 展，在国际上引起了广泛关注。 米管尖端接近细胞时，细胞会产生“误会”，以为 论文题目：Cell entry of one-dimensional nanomaterials 它只是个小圆球而不知其是个圆柱，等意识到小 occurs by tip recognition and rotation 项目来源：中国国家自然科学基金 球“太长”，根本吞不下时，已经为时太晚。作者 用户来源：美国布朗大学、中科院力学研究所 们用纳米管、金纳米线对小鼠肝脏细胞、人类间皮 论文来源：《自然：纳米技术》第6卷第11期，页 细胞进行细胞实验，发现90%的纳米材料都是以尖端 号：714-719，2011年11月出版 90度角进入细胞。 本项研究在理解纳米材料和细胞之间的相互作 石棉纤维、商用碳纳米管和金纳米线都有一个 用方面取得显著进展，解释了为什么碳纳米管和其 圆形的尖头，直径在10纳米到100纳米之间，正处 它长型纳米材料会给细胞带来伤害。 于细胞处理范围。细胞上有一种受体蛋白质会聚集 纳米材料如碳纳米管，在医疗上有着广泛的应 并弯曲细胞膜壁，使细胞卷曲包住纳米管尖端，反 用前景，比如作为递送工具，将药物运载到特定的 向调整纳米管角度，使纳米管尖端能以90度进入， 细胞或人体内特定部位。但如果不了解纳米材料和 从而降低细胞吞噬微粒所需的能量。这一行为叫 细胞之间的相互作用，反而会给细胞带来伤害。本 做“尖端识别”。作者们原以为纳米管会贴附细胞 项研究发现，细胞会把长直的纳米材料误判为球形 膜以得到更多结合位点，但模拟却显示，纳米管稳 而试图整个吞下去，一旦这种情况发生，就没办法 定地旋转到近垂直角度以