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　　领域高性能计算的引进及应用情况介绍 【关键词】 中医药高性能计算；科研工具；计算机科学 高性能计算是计算机科学的一个分支,研究并行算法和开发相关软件,致力于开发高性能计算机。在科学技术迅猛发展的今天,高性能计算已经成为科学技术发展和重大工程设计中具有战略意义的研究手段,它与传统的理论研究和实验室实验一起构成了现代科学技术和工程设计中互相补充、互相关联的研究方法,提高了科学研究的能力,促进和推动了现代科学与工程技术的发展。美国等发达国家在高性能计算方面发展很快,并一直把它作为国家战略给予高度重视,在国家层面予以组织实施。目前,高性能计算在国内外很多领域已经取得了大量应用成果。在生命科学领域,高性能计算在探究基因奥秘、蛋白质结构、生物信息以及医药设计等方面已经成为不可或缺的辅助工具；此外,将生命科学和信息科学进行结合,从而为生物医学提供有价值的信息作为参考依据更是被一些主流研究机构视为重要的应用。目前,我国的高性能计算虽然与发达国家相比还有很大的差距,但在很多的科技领域已经通过有效地引进和运用高性能计算取得了很多的科研成果。 　　鉴于目前高性能计算在国内外的快速发展和广泛应用,中国中医科学院中医药信息研究所在2007年10月购置和引进了中医药行业第一套高性能计算系统——曙光TC 2600刀片服务器。该系统具有50个计算节点,2个数据库节点,1个I/O节点,1个管理节点,一个登陆节点,共计55个节点,存贮达4 T容量,峰值浮点计算能力11 800亿次/s,实测并行性能8 600亿次/s。在2007年12月完成了设备的验货、安装、调试、测试、验收,目前已经测试运行了Linpack、PMB、IOzone、Stream等程序,以及生物计算领域的VASP应用程序；安装了中国科学院计算技术研究所开发的网格软件GOS3.0,目前正在与浙江大学计算机系合作进行中医药网格的研制和开发工作。 系统硬件配置：曙光TC 2600刀片服务器,2*AMD Opteron 2218双核CPU,4 GB内存；80 G硬盘,千兆以太网卡,共50台刀片机组成；I/O管理节点2台；登录节点1台；数据库节点2台,4*AMD Opteron 8214双核,16 G内存,73 G硬盘两块；Infiniand 10 G网络1套；磁盘阵列：300 GB FC硬盘8块,500 GB SATAII硬盘8块。 　　系统软件配置：LINUX操作系统 Redhat企业版1套；曙光刀片管理软件1套；集群系统软件：曙光集群系统管理软件(DCMS)1套,曙光集群系统部署软件(DCIS)1套,并行命令软件(MTERM)1套,作业调度系统(DPBS/Torque)1套；双机高可用软件RoseHA 1套；GNU C/C++编译器1套；GNU Fortran77/90编译器1套；DataDisplay Debugger 1套；CodeAnalyst系统性能分析工具1套；OpenMPI 1套；Mvapich 1套；MPICH/Lam-MPI 1套；PVM 1套；ACML 1套；APL 1套；LAPACK,ScaLAPACK 1套；HDF5 1套；BLAS、GOTO、Atlas 1套。 这套系统是目前我国中医药行业引进的第一套高性能计算设备,由于中医药行业的独特性,目前国内外还没有这方面成熟的行业应用经验可供参考,如何使高性能计算尽快成功应用于中医药行业,目前还面临着许多开创性的工作。希望能够通过借鉴目前国内生物医学领域的一些成功应用,为加快高性能计算在中医药行业的应用、普及和提高提供些有益的帮助和借鉴。 上海超级计算中心：上海超级计算中心成立于2000年12月,由上海市政府投资建设,座落于浦东张江高科技开发园区内,是国内第一个面向社会开放,资源共享、设施一流、功能齐全的高性能计算公共服务平台,目前已经在气象预报、药物设计、生命科学、汽车、新材料、土木工程、物理、化学、航空、航天、船舶等多个应用领域取得了一批重大成果,发挥了重要作用。 上海药物研究所：中国科学院上海药物研究所药物发现与设计中心成立于2001年,是一个以基因信息和蛋白结构为基础,以药物设计、化学合成和现代生物技术为主要研究手段的创新药物研发中心。该中心除了拥有大量先进的用于分子生物学和药物研究的实验仪器设备,以及SGI(64个CPU)和国产“神威”高性能计算机之外,还拥有最先进的分子模拟和药物设计软件,如：InsightII、Catalyst、TOPKAT、Sybyl和DOCK等。此外,他们还利用MDL公司所提供的“药物数据报道数据库(MDDR)”、“综合药物化学数据库(CMC)”、“化合物筛选数据库(ACD-SC)”和自主开发的“中国天然产物数据库(PD)”等数据库,建立了超过250万个化合物的大型药物虚拟筛选数据