共享农业大学生物信息学课后练习题及答案.doc

2014级山东农业大学大二下学期期末生物信息学课后练习题及答案 第一章 绪论 1、什么是生物信息学？ 答：广义的生物信息学：生命科学与数学、计算机科学和信息科学交汇融合形成的一门交叉学科应用先进的数据管理技术、数学分析模型和计算软件对各种生物信息进行提取、储存处理和分析，旨在掌握复杂生命现象的形成模式与演化规律。 狭义的生物信息学：应用信息技术储存和分析基因组测序所产生的分子序列及其相关数据，也被称为分子生物信息学。 2、列举5个在生物信息学发展史上有重要意义的事件（技术发明或软件创新） 答：1953年，由沃森和克里克提出DNA双螺旋结构模型，并发表于NATURE杂志。（Nature, 1953）。 1955年，桑格采用二硝基氟苯（FDNB）法，首次成功地完成了第一个蛋白质-牛胰岛素的序列分析。 1965年，祖卡坎德尔和鲍林提出的“分子钟”理论。（Evolving genes and proteins, 1965） 1977年，桑格等发表双脱氧链末端终止法，测定?X174序列。（PNAS, 1977） 1988年，人类基因组计划提出。（Science, 1986） 1995年，H. influenza genome第一个测序成功的基因组。（Science, 1995） 2001年，人类基因组草图公布。（Nature, 2001; Science, 2001） 新一代测序技术出现。（Nature, 2005） 3、生物信息学的研究内容都有哪些？ 答：1.获取人和各种生物的完整基因组 2.发现新基因和新的单核苷酸多态性 3.基因组中非编码区信息结构分析 4.完整基因组的比较研究 5.功能基因组研究 6.生物大分子结构模拟与药物设计 7.生物信息学的发展与应用研究 第二章 生物信息学资源 1、什么是一级数据库，什么是二级数据库 答：1.数据都直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释。 一级核酸数据库有Genbank数据库、EMBL核酸库和DDBJ库等；蛋白质序列数据库有SWISS-PROT、PIR等；蛋白质结构库有PDB等。 2. 在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步整理。 人类基因组图谱库GDB、转录因子和结合位点库TRANSFAC、蛋白质结构家族分类库SCOP等等。 2、世界上三大核酸数据库分别叫什么，由什么机构进行维护，两个重要的蛋白质数据库分别是什么，蛋白质三维结构数据库是什么，他们分别由什么机构进行维护。 答：1.美国核酸数据库GenBank从1979年开始建设，1982年正式运行（NCBI）； / 欧洲分子生物学实验室的EMBL数据库也于1982年开始服务（EBI）； http://www.ebi.ac.uk/ 日本于1984年开始建立国家级的核酸数据库DDBJ，并于1987年正式服务（NIG）。 http://www.ddbj.nig.ac.jp/ 2. SWISS-PROT是一种经校阅过的蛋白质序列数据库，首先于1978年在瑞士日内瓦大学医学生化系建立，随后与欧洲分子生物学实验室（EMBL）合作，目前同EMBL和新成立的瑞士生物信息学研究所（SIB）共同维护。 PIR-PSD是由NBRF蛋白质序列数据库、Munich蛋白质序列信息中心(MIPS)和日本国际蛋白质序列数据库(JIPID)共同维护的国际上最大的公共蛋白质序列数据库。这是一个全面的、经过注释的、非冗余的蛋白质序列数据库。 3.蛋白质空间结构数据库是生物大分子结构数据库的主要组成部分，结构数据库 用图像直观表示蛋白质的空间结构。 4.PDB（Protein Data Bank）是国际上唯一的生物大分子结构数据档案库，1971年由美国Brookhaven国家实验室建立。PDB蛋白质数据库所收集的生物大分子三维结构数据主要通过X-射线衍射和核磁共振（NMR）实验测定，包括结构数据，文献，一级二级结构信息。 3、详细说明blast软件包含几种比对程序，每种程序针对什么样的待搜索序列和数据库。 第三章 序列比对 1、什么是序列比对，双序列比对，多序列比对 答：1. 序列比对又叫序列联配，其意义在于从核酸、氨基酸的层次分析序列的相似性，推测其结构功能及进化上的联系，是基因识别、分子进化、生命起源研究的基础。基本问题是比较两个或两个以上符号序列的相似性或不相似性。 序列比对是生物信息学的基础，非常重要。 2. 双序列比对（pairwise alignment）：是指通过一定算法对两条核酸或蛋白质序列进行比较，找出两者之间最大相似性匹配。双序列比对是序列分析常用的方法之一，是多序列 比对和数据库搜索