生物医学知识整合论（ⅴ）.pdfVIP

包含飞：生物医学知识整合论( Ⅴ)，《医学信息》杂志，17 （5 ）：244-250，2004 物医学知识整合论（Ⅴ） ——再论知识背景空间 含飞 上海中医药大学中医学信息化-标准化研究室，200032 摘要 本文沿生物医学知识整合论研究方向进一步探讨生物医学知识复杂的背景空间。 文章介绍了笔者对医学信息学及医学知识领域中物理性知识、人类智能和人工智能世界三维 关系的认识；为了使该理论逐步清晰化，文中又讨论了一系列概念定义；接着分别以欧几里 得几何、VB 编程语言和胆汁淤滞为例描述了人类智能、人工智能和物理性知识三种知识背 景空间的特点；最后探讨了先哲们建立理性学科背景空间的技巧及对我们的启示。 关键词 生物医学知识整合论 医学信息学 知识背景空间 认知科学 医学人工智能 在某种意义上，生命是一切自然机理的总和，生命科学是一切科学的总和。生命系统的 奥妙之处不仅仅在于“一切” 二字，更在于“总和”二字，在于生物界的完美无缺的、和 谐共济的 “总和”！这是自然界的物理整合。关于科学知识的 “总和”机制的研究就是知识 １ ７ [ - ] 整合科学。在生物医学知识的整合研究 中，生物医学信息学将起到无可取代的作用。 1．医学信息学，知识整合和三维知识世界 医学信息学拥有一个庞大的学者团体，其国内和国际学术会议的规 一般相当大。在有 关的各种书刊杂志上发表的及各种会议上交流的，大都是关于医疗卫生领域中的应用系统。 但有些学者指出，医学信息学并不等于建立和维护形形色色的与医疗卫生有关的应用系统 ８ [ ] 。那么医学信息学究竟是什么？它仅仅是把现成的信息技术引进到医学领域中的努力？它 的内容仅仅是开发、引进和维护一些信息系统？它有没有自身的概念系统，基本理论和体系 结构？ 笔者认为对前两个问题，答案是明确否定的，但对第3 个深层次问题就不那么容易回答。 首先，生物医学信息学涉及三大学问信息学、生物学和医学。信息一词外延极为广泛，常与 物质、能量等被并列为构成世界的基本要素或维度，所以几乎是一个无处不在的带有哲学意 义的 “千面概念”。笔者认为信息这个概念很多方面类似于另一个无处不在的概念：“结构” ４，６ [ ] 。我们并没有根据物质和能量概念提出 “物质学”或 “能量学”，但我们却根据信息概 念提出了 “信息学”。这也许是因为香农曾对关于通信的信息概念 出了定量公式和人类发 明了诸如计算机和网络这些被称为信息技术的新事物并且对人类生活产生了空前的影响之 故。我们还在生物学和医学领域中分别提出了生物信息学和医学信息学，并且把财务管理、 设备药物管理、医院局域网建设、电子病历、PACS、 疾病诊断-治疗-护理、药理和药物动 力学、DNA 的表达及调控和蛋白质功能-空间构型-蛋白质网络等的有关算法-查索-计算机处 理、 .. 统统地归到“生物医学信息学”这面大旗下。生物学和医学也是两个超繁领域，几 乎囊括和整合了诸如机械、电、化学、大 子、随机、非线性 .. 所有的方面，真可谓集“万 千机制于一体”。因此三个超繁领域结合的“产儿”生物医学信息学的极端复杂性和内在千 差万别的异质性就在所难免。再加上参与到生物医学信息学领域中来的学者群体的知识背 景、追求目标、思维方式又彼此相差甚远。对一些学者来说 “理所当然”的事，对另一些学 者也许会“莫名其妙”。所以，我们不得不认承认目前生物医学信息学丰富的异质性，截止 今日，它更象一个学科群体，尚未成为真正统一的科学。 划时代级的科学大 牛顿和爱因斯坦在追求统一结构和理论时都选择了万古不变的天 体系统，没有选择生命系统。另一个大科学家量子力学的奠基人薛定谔研究过生命系统，留 下了一句脍炙人口的名言：“生命是负熵”。讲得通俗一点就是“生命的结构可以越来越复杂”。 他认为原因是在于生命系统是“开放系统”，任何复杂的生命系统都可“统一”到负熵。这 一伟大的论断在哲学界和物理学界意义远大于生物学和医学界，因为即使一个老婆婆也拥有 生物学常识知道她的小鸡崽与她的针线盒不同，“会长大下蛋”。由此可以想象探索医学信息 学的内在统一的结构和理论决非轻而易举的事。相反，它是一件令人望而生畏的苦差事。 MA Musen 指出，“Blois 的