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基因组注释详解概要1
Functional classification Cellular metabolism 555 11.92% Transcription 259 5.56% Signalling 256 5.51% Transport 198 4.14% Plant defence 161 3.47% Protein fate 85 1.84% Growth 81 1.76% Other 3063 65.76% Total 4658 Indica Guangluai4 Japonica Nipponbare Total length (bp) 2,319,728 2,426,015 Number of genes 388 415 Gene density (bp per gene) 5,979 5,846 Average exons per gene 5.2 5.1 Average introns per gene 4.2 4.1 Average exon size (bp) 281 306 Average intron size (bp) 320 316 Number of SNPs 9,056 9,056 SNPs in exon 1,495 2,132 SNPs in intron 1,655 1,974 SNPs in intergenic region 5,906 4,950 Number of Indels 63 138 Indels 10Kb 3 11 Indels 1-10Kb 37 25 Indels 1Kb 23 102 Length of Indels (Kb) 198 312 Repeats length in Indels (Kb) 85 116 Structural comparison of two subspecies over 2.3 Mb 比较基因组分析 Exp glimmer(90) Reference Get CDSs Predicted GeneCollection GeneCollection GeneDB Formatdb GeneDB Formatdb GeneBBH ClustWPro CalDs/Dn Classification GO classification Kegg Pathway …… 乳酸菌比较基因组 新一代DNA序列分析技术 Genome Sequencer 20 — GS 20 2005 — GS FLX 2007 454 life Sciences/Roach 2. Solexa Genome Analysis System — Solexa Solexa Ltd/illumina 3. Sequencing by Oligonucleotide Ligation and Detection — SOLiD 2007 Summer Agencourt/ABI 新技术平台的比较 Sequencer Read length High- throughput Running time Cost 454 GS-20 100 bp 20 Mb/run 200 k reads/run 5.5 h 5000-7000 USD/run 0.00025USD/bp 454 GS-FLX 200-250 bp 100 Mb/run 500 k reads/run 7-8 h -10—30％ Solexa 25-35 bp 1000 Mb/run 28 m reads/run 2-3d 3000 USD/run Solid 25-50 bp 100 Mb 2-4 m reads/run 1 d ? ABI 3730Xl 700 bp 70 kb/run 96 reads/run 2 h 150 USD/run 0.0025USD/bp 深度测序数据分析流程 * * Again, why metagenomics, before going on, I’d take a second to show this page. Look at the tree of life on earth, we as human, located at the corner, even with count our neighbors, we together are still just small branch. Most of life on earth are microbial, and they are everywhere, Although No. of mi
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