γ-环糊精和波尼松龙的相互作用分子动力学模拟和自由能计算.pdfVIP

下载本文档

1
0
约1.17万字
约 5页
2017-07-13 发布于北京
举报
版权申诉

γ-环糊精和波尼松龙的相互作用分子动力学模拟和自由能计算.pdf

1、原创力文档（book118）网站文档一经付费（服务费），不意味着购买了该文档的版权，仅供个人/单位学习、研究之用，不得用于商业用途，未经授权，严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等，侵权必究。。
2、本站所有内容均由合作方或网友上传，本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺！文档内容仅供研究参考，付费前请自行鉴别。如您付费，意味着您自己接受本站规则且自行承担风险，本站不退款、不进行额外附加服务；查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档，您可以点击这里二次下载。
3、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等，请点击“版权申诉”（推荐），也可以打举报电话：400-050-0827(电话支持时间：9:00-18:30)。
4、该文档为VIP文档，如果想要下载，成为VIP会员后，下载免费。
5、成为VIP后，下载本文档将扣除1次下载权益。下载后，不支持退款、换文档。如有疑问请联系我们。
6、成为VIP后，您将拥有八大权益，权益包括：VIP文档下载权益、阅读免打扰、文档格式转换、高级专利检索、专属身份标志、高级客服、多端互通、版权登记。
7、VIP文档为合作方或网友上传，每下载1次，网站将根据用户上传文档的质量评分、类型等，对文档贡献者给予高额补贴、流量扶持。如果你也想贡献VIP文档。上传文档

第 19卷第4期化学研究 Vo1．19 No．4 2008年 12月 CHEMICAL RESEARCH Dec．20o8 一环糊精和波尼松龙的相互作用分子动力学模拟和自由能计算姚雪霞 (南京农业大学工学院，江苏南京210031) 摘要：运用分子动力学 (Moleculardynamics，MD)和 MM—PBSA(molecularmechanics／PoissonBohzmannsurface area)相结合的方法预测了一环糊精 (一cyclodextfin，y—CD)和波尼松龙的包结模式．在MD模拟过程中，波尼松龙分别采用A环和D环两种取向从一CD大口端进入其空腔．在MD轨迹采样基础上，采用高效MM—PBSA方法计算了两种取向的包结自由能．结果表明，计算包结自由能值和实验包结自由能值非常吻合．进一步分析各个能量项，发现范德华相互作用能为包结的主要驱动力．通过比较两种取向的包结自由能大小，预测D环取向为优势包结模式．关键词：分子动力学；一环糊精；波尼松龙；包合物中图分类号：O642 文献标识码：A 文章编号：1008—1011(2008)04—0056—40 M olecularDynamicsSimulation andFreeEnergyCalculation on Interactionof Cycl0dextrinandPrednisolone YA0 Xue．xia (CollegeofEngineering，Na ngAgriculturalUniversity，Na ng210031，Jiangsu，China) Abstract：Thepossiblebindingmodebetween -cyclodextrin(—CD)andprednisolonewaspredicted byusingmoleculardynamics(MD)andMM—PBSA(molecularmechanics／PoissonBohzmannsurface area)method．Prednisolonepenetratedthecavityofy—CDfromthelargerimbybothA—ringorientation andD—ringorientationintheprocessofMDsimulation．BasedonthetrajectoriesfromMDsimulations， thebindingrfeeenergiesoftwoorientationswerecalculatedbyusingMM—PBSA technique．Theresults show thatthecalculatedbindrfeeenergyisinwellagreementwith theexperimentalvalue．Through furtheranalyzingeach energyitem，itisfoundthatVanderWaals interaction energy isthemain drivingforce forthecomplexation．Bycomparingthebind freeenergiesoftwoorientations，itwas predictedthatD—ringorientationisthepreferentialbindingmode． Keywords：moleculardynamics； ·cyclodextrin；prednisolone；inclusioncompound 环糊精(cyclodextrins，CDs)具有内疏水和外亲水的特殊空腔结构，可以包结多种有机和生物