蛋白质二级结构的形成与胺基酸间交互作用的关系之研究.pdf

行 精 類 行 年年 行 立 參理 理 論 理 利 年 年 成 果 報 告 行政院國家科學委員會補助專題研究計畫 □期中進度報告 蛋白質二級結構的形成與胺基酸間交互作用的關係之研究 計畫類別： 個別型計畫 □ 整合型計畫 計畫編號： NSC 96 － 2218 － E － 005 － 005 － 執行期間： 96 年 8 月 1 日至 97 年 10 月 31 日 計畫主持人：朱彥煒 共同主持人： 計畫參與人員： 謝昆璋、吳宥廷 成果報告類型(依經費核定清單規定繳交)：精簡報告 □完整報告 本成果報告包括以下應繳交之附件： □赴國外出差或研習心得報告一份 □赴大陸地區出差或研習心得報告一份 出席國際學術會議心得報告及發表之論文各一份 □國際合作研究計畫國外研究報告書一份 處理方式：除產學合作研究計畫、提升產業技術及人才培育研究計畫、列管計畫 及下列情形者外，得立即公開查詢 □涉及專利或其他智慧財產權，□一年□二年後可公開查詢 執行單位：國立中興大學生物資訊所 中 華 民 國 97 年 10 月 31 日 摘 要 蛋白質二級結構的資訊可以幫助我們瞭解許多生物上的問題。例如，蛋白質的三 級結構以及其功能性、蛋白質之間的演化關係及蛋白質的分類等等。但是，蛋白質二 級結構的資訊有時很難或甚至無法從實驗中獲得。因此，許多需要利用蛋白質二級結 構的應用，都使用預測的蛋白質二級結構來替代真實的結構資訊。本研究是將PSIPRED 與PROF 的預測結果作為輸入廓形，並利用我們所設計的模式(schema)，做二階段的資 料融合，將同質與異質資料做一個整合，達到預測的目的。在實驗上，我們分別對 RS126 與CB513 這二個資料集做測試，發現此方法在蛋白質二級結構的預測上，與所採用的 二種方法比較，最多改進了 5%的預測正確率。 關鍵詞 資料融合, 基因演算法，分群法, 蛋白質二級結構，資料探勘 一、引言 在實驗室中，要決定一個蛋白質的結構比獲得其序列（protein sequence） 要困難得多。以2007 年9 月17 日的資料來說，蛋白質資訊來源資料庫 （protein informationresource database;PIR）中有 5,989,911 條蛋白質 序列，而在同時，蛋白質資料庫(protein data bank;PDB)只有45,744 條蛋 白質結構的資料。因此，若要用到已知的蛋白質，但不知道其結構時，通常利 用一些預測的方法，從蛋白質序列來預測蛋白質的結構。預測技術的重要性可 以從有一個機構由美國衛生研究所(NIH)和能源局所贊助，每兩年舉行一次針 對蛋白質預測技術的緊要評估(critial assessment oftechniques for protein structure prediction;CASP) [1, 2]。一般而言，蛋白質結構的預 測方法會結合其二級結構資訊和許多生物上的經驗 函數(heuristic function) [3]。另外，不管是在尋找蛋白質功能、蛋白類分類或是建演化樹 (phylogenetictr