基于生物信息学方法的fox基因家族对比分析comparative analysis .pdf

算分子生物学(网络版), 2015 年, 第 4 卷, No.6, 1-7 Jisuan Fenzi Shengwuxue (Online), 2015, Vol.4, No.6, 1-7 究报告 Research Report 基于生物信息学方法的FOX基因家族对比分析 常凯 , 熊怡淞 , 曲远青 , 陈清红 , 吴艾霖 , 吴丽娟 中国人民解放军成都军区总医院实验医学中心高湿医学全军重点实验室, 成都, 610083 通讯作者, wulijuan 1638@126.com; 作者 计算分子生物学, 2015 年, 第 4 卷, 第 6 篇 doi: 10.5376/.2015.04.0006 收稿日期: 2015 年08 月20 日 接受日期: 20 15 年08 月20 日 发表日期: 2015 年08 月20 日 2015 BioPublisher 生命科学中文期刊出版平台 本文首次发表在 《基因组学与应用生物学》印刷版2015 年，第34 卷，第09 期上。现依据版权所有人授权的许可协议，采用Creative Commons Attribution License,协议对其进行授权，再次发表与传播。只要对原作有恰当的引用, 版权所有人允许并同意第三方无条件的使用与传播。 摘 要 以FOXA，FOXO 和FOXP 为核心，利用生物信息学方法对比分析FOX 家族成员的分子特征、启动子、蛋白理 化性质、蛋白结构、亚细胞定位，构建分析蛋白三维模型并绘制家族系统进化树。结果表明：FOX 家族的核酸序列相似性 较低，FOXP 和FOXN 序列内含较多内含子，但仍具有溯源性。蛋白的脂肪族氨基酸指数介于49.71 到76.11，分子量介于 29084 到79586.1，较为离散。GRAVY 值介于-0.764 到-0.179，蛋白均表现为亲水性。pI 值在亚家族间非常稳定，可作为蛋 白分类的辅助指标。 比统 FOX 蛋白高级结构各亚家族的保守结构域和功能位点，可见功能域的差异导致了其调节途径 的多样。分析结果可为FOX 蛋白的研究提供有价值信息，为进一步研究FOX 在人体内的疾病发生途径与作用机理提供依据。 关键词 叉头框基因家族；生物信息学；对比分析；分子特征；蛋白特征 Comparative Analysis of FOX Family Genes Based on the Bioinformatics Methods Chang Kai , Xiong Yisong , Qu Yuanqing , Wu Ailin , Chen Qinghong , Wu Lijuan KeyLaboratoryofHighHumidityMedicine,CenterofLaboratoryMedicine,ChengduMilitaryGeneralHospital,Chengdu,610083 Corresponding author, wulijuan 1638@126.com; Authors Abstract The molecular characteristics, promoter sequence, protein properties, amino acid sequence and the tertiary structure were analysed via bioinformatics methods. The phylogenetic tree of the FOX family was build. The result showed that the similarity of nucleic acid sequence was low, but the homology was not low. Aliphatic amino acid index of protein between 29084 to 79586.1; GRAVY values ranged from -0.764 to -0.179, and the protein was hydrophilic. The isoelect