酶切位点(识别序列).docVIP

酶切位点（Restriction Enzyme cutting site）：DNA上一段碱基的特定序列，限制性内切酶能够识别出这个序列并在此将DNA序列切成两段。 　　可能存在同尾酶，不同酶的识别序列不同， 　　有的可能能识别多个酶切位点比如STY1识别序列有WWPCR引物设计时酶切位点的保护碱基表不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求（在本表中没有列出的酶，则通常需在识别位点两端至少加上6个保护碱基，以确保酶切反应的进行。）当酶切位点在双链DNA的尾端时，限制性内切酶经常不能成功切断(简单的想象为酶遇到识别位点之后从旁边掉下去了…… =_=|||)所以经常在引物设计时，在末端的限制性内切酶识别位点之后再加上2、3个碱基以确保成功酶切比如你的引物是 5‘ GCTAGCNNNNN…… 3’ 可以改成 5‘ CAGGCTAGCNNNNN…… 3’ 呃……CAG是我随便加的，你可以考虑一下CG/AT含量酶 寡核苷酸序列 链长 切割率% 2 hr 20 hr Acc I GGTCGACC CGGTCGACCG CCGGTCGACCGG 8 10 12 0 0 0 0 0 0 Afl III CACATGTG CCACATGTGG CCCACATGTGGG 8 10 12 0 90 90 0 90 90 Asc I GGCGCGCC AGGCGCGCCT TTGGCGCGCCAA 8 10 12 90 90 90 90 90 90 Ava I CCCCGGGG CCCCCGGGGG TCCCCCGGGGGA 8 10 12 50 90 90 90 90 90 BamH I CGGATCCG CGGGATCCCG CGCGGATCCGCG 8 10 12 10 90 90 25 90 90 Bgl II CAGATCTG GAAGATCTTC GGAAGATCTTCC 8 10 12 0 75 25 0 90 90 BssH II GGCGCGCC AGGCGCGCCT TTGGCGCGCCAA 8 10 12 0 0 50 0 0 90 BstE II GGGT(A/T)ACCC 9 0 10 BstX I AACTGCAGAACCAATGCATTGG AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT 22 24 27 0 25 25 0 50 90 Cla I CATCGATG GATCGATC CCATCGATGG CCCATCGATGGG 8 8 10 12 0 0 90 50 0 0 90 50 EcoR I GG^AATTCC CGG^AATTCCG CCGG^AATTCCGG 8 10 12 90 90 90 90 90 90 Hae III GGGGCCCC AGCGGCCGCT TTGCGGCCGCAA 8 10 12 90 90 90 90 90 90 Hind III CA^AGCTTG CCA^AGCTTGG CCCA^AGCTTGGG 8 10 12 0 0 10 0 0 75 Kpn I GGGTACCC GGGGTACCCC CGGGGTACCCCG 8 10 12 0 90 90 0 90 90 Mlu I GACGCGTC CGACGCGTCG 8 10 0 25 0 50 Nco I CCCATGGG CATGCCATGGCATG 8 14 0 50 0 75 Nde I CCATATGG CCCATATGGG CGCCATATGGCG GGGTTTCATATGAAACCC GGAATTCCATATGGAATTCC GGGAATTCCATATGGAATTCCC 8 10 12 18 20 22 0 0 0 0 75 75 0 0 0 0 90 90 Nhe I GGCTAGCC CGGCTAGCCG CTAGCTAGCTAG 8 10 12 0 10 10 0 25 50 Not I TTGCGGCCGCAA ATTTGCGGCCGCTTTA AAATATGCGGCCGCTATAAA ATAAGAATGCGGCCGCTAAACTAT AAGGAAAAAAGCGGCCGCAAAAGGAAAA 12 16 20 24 28 0 10 10 25 25 0 10 10 90 9