大岩桐花萼和幼叶转录组研究 - 园艺学报.PDF

园艺学报，2015 ，42 (12) ：2519 –2525. Acta Horticulturae Sinica doi ：10.16420/j.issn.0513-353x.2015-0105；http ：//www. ahs. ac. cn 2519 大岩桐花萼和幼叶转录组研究 1 1 2 1,* 费 元 ，韩 雪 ，余 红 ，庞基良 1 2 （杭州师范大学生命与环境科学学院，杭州 310036 ； 杭州市农业科学研究院生物技术研究所，杭州 310024 ） 摘 要：利用新一代高通量测序技术平台 Illumina Solexa GA Ⅱx 对大岩桐花萼和幼叶进行转录组测 序和数据从头组装及生物信息学分析，获得了长度大于 100 bp 的转录物22 821 条；转录本总长度 28.63 Mb ，N50 长度 1 548 bp，序列平均长度 953 bp 。转录物注释结果显示，15 053 条有同源比对信息；7 768 条 无匹配序列信息，可能为大岩桐特有的基因序列。通过对花萼、幼叶中与激素代谢、信号转导相关的差 异 KEGG 通路比较，推断在花萼中促进生长激素合成基因的表达比幼叶中强，激素信号转导组分基因的 表达也比幼叶中强。 关键词：大岩桐；花萼；幼叶；转录组；生物信息学分析 中图分类号：S 682 文献标志码：A 文章编号：0513-353X （2015 ）12-2519-07 Sequencing and Characterization of Transcriptome of Sinningia speciosa Sepals and Young Leaves 1 1 2 1,* FEI Yuan ，HAN Xue ，YU Hong ，and PANG Ji-liang 1 2 （College of Life and Environmental Sciences，Hangzhou Normal University ，Hangzhou 310036 ，China；Institute of Biotechnology ，Hangzhou Academy of Agricultural Sciences ，Hangzhou 310024 ，China ） Abstract ：The transcriptome of Sinningia speciosa sepals and young leaves was sequenced by using Illumina Solexa GA Ⅱx ，and the functional annotations and metabolic pathway analyses of some unigenes were conducted in this study. And 22 821 unigenes ，longer than 100 bp，were obtained by de novo assembly method. The total scaffold sequence length reached 28.63 Mb with the 1 548 bp of N50，the average unigenes length was 953 bp. Annotation analysis of unigene indicated that 15 053 unigenes had homolog in public protein database ；However ，7 768