膜蛋白质间原子填充结构解析.pdfVIP

第24卷 哈尔滨师范大学自然科学学报 Vo1．24，No．1 2008 第1期 NATURAL SCIENCES JOURNAL OF HARBIN NORMAI UNIVERSITY 膜蛋白质问原子填充结构解析水 孙鹏飞 刘海龙 陈天凯 (哈尔滨工程大学，哈尔滨师范大学) (哈尔滨师范大学) (黑龙江工商职业技术学院) 【摘要】 提出蛋白质问三对三原子填充结构定义，根据此定义对16个膜蛋白 质问的原子填充结构进行解析，分析了原子填充结构的形成特点，并根据不同类型氨 基酸形成填充结构的频率，分别构建了三对三原子填充结构及传统的一对一原子填 充结构的可能性矩阵． 关键词：膜蛋白质；填充结构；可能性矩阵 螺旋结构的物理化学性质以外，螺旋结构上氨基 0 引言 酸之间的相互作用(填充结构)对于立体结构的 蛋白质立体结构的判明对于蛋白质的生物学 形成也起着重要的作用．而对于 螺旋结构，以 功能的研究具有着非常重要的意义，膜蛋白质由 其中心轴为原点，每旋转100度就有一个氨基酸 于被稳定地埋藏于脂质层中，非常难于溶解，所以 存在，平均一周有3．6个氨基酸存在．笔者通过研 与水溶性蛋白质相比更加难以结晶化 但由于计 究发现对于膜贯通领域间紧密接触的填充结构来 算机技术的发展，膜蛋白质的膜贯通领域的二级 说，相邻的两个膜贯通螺旋结构中各出3个氨基 机构以及其末端的位置能够被很好的预测，所以 酸相互作用，填充螺旋结构的空隙，这样的结构 (三对三填充结构，参见图1)经常被发现 J． 关于膜贯通领域的立体分布的研究被作为课题进 行着广泛的研究¨ ． 本研究以膜贯通蛋白质的膜贯通领域为对 C端 N端 象，从已知的蛋白质的立体结构数据中抽取填充 结构数据，对一对一填充结构及三对三填充结构 进行统计解析． 1 三对三填充结构定义 在三对三填充结构中，根据螺旋结构中填充 位置的氨基酸序号组合，我们提出了逆平行2种、 平行2种，共计4种类型填充结构的定义．在相邻 N端 c端 的两个膜贯通领域中，一侧的氨基酸序号定义为 图1 三对三填充结构(Type I) n，n+1，n+3，n+4；另一侧定义为m，m+1，m 考虑到在膜蛋白质的立体结构中，除膜贯通 +3，m+4，每个三对三填充结构由6个氨基酸构 成，包含有4组一对一填充结构，当每组一对一填 收稿日期：2oo7—11—15 ·黑龙江省教育厅科学技术研究项目，哈尔滨师范大学科学技术研究项目(KM2006一o6) 88 哈尔滨师范大学自然科学学报 200