dna 甲基化-非甲基化碱基间堆积作用的理论研究theoretical studies.pdf

2010 年第68 卷 化 学 学 报 Vol. 68, 2010 第8 期, 739～746 ACTA CHIMICA SINICA No. 8, 739～746 ·研究论文· DNA 甲基化-非甲基化碱基间堆积作用的理论研究 陈益山 余仕问 杨思娅* ( 曲靖师范学院化学与化工学院 曲靖 655000) 摘要 运用二级 MØller-Plesset(MP2)理论方法和 cc-pVDZ 基组优化了 6- 甲基鸟嘌呤(O6-MethylG), 4- 甲基胸腺嘧啶 (O4 5 -MethylT) 以及5- 甲基胞嘧啶(C -MethylC)与DNA 碱基鸟嘌呤(G), 腺嘌呤(A), 胞嘧啶(C), 胸腺嘧啶(T)之间的堆积 构型. 在MP2/aug-cc-pVXZ//MP2/cc-pVDZ (X ＝D, T)水平上, 采用完全基组外推方法校正了堆积碱基对间的相互作用 能, 并用完全均衡校正法(CP)校正了基组重叠误差(BSSE). MP2 计算结果表明, DNA 碱基甲基化使得嘧啶-嘧啶、嘧啶- 嘌呤堆积碱基间的平行旋转角发生明显改变, 并使堆积碱基间的相互作用能增大. 在MP2/cc-pVDZ 计算级别上得到了 各堆积碱基对的全电子波函数, 并用分子中的原子理论(AIM)分析了堆积碱基对间的弱相互作用. AIM 分析结果显示, 甲基化增强了堆积碱基间的π-π作用, 且甲基氢与相邻碱基间形成H CH…X (X ＝O, N, CH , NH )等类型的氢键. 甲基 2 3 2 化损伤使碱基间重叠程度增大、π-π作用增强以及堆积碱基间形成多个氢键, 是堆积作用能增加的主要原因. 关键词 DNA; 甲基化; 碱基对; 堆积; 相互作用能 Theoretical Studies on the Stacking Interactions between Methylated and Unmethylated DNA Bases * Chen, Yishan Yu, Shiwen Yang, Siya (School of Chemistry Chemical Engineering, Qujing Normal University, Yunnan 655000) Abstract The stacking geometries of normal DNA bases (adenine, thymine, guanine and cytosine) and 6 4