碱基替换率--知识介绍.pdf

dN/dS 碱基替换率 在遗传学中，Ka/Ks 或者 dN/dS 表示的是异意替换（Ka ）和同意替换（Ks ）之间的比 例。这个比例可以判断是否有选择压力作用于这个蛋白质编码基因。 不导致氨基酸改变的核苷酸变异我们称为同义突变，反之则称为非同义突变。一般认为， 同义突变不受自然选择，而非同义突变则受到自然选择作用。在进化分析中，了解同义突变 和非同义突变发生的速率是很有意义的。常用的参数有以下几种：同义突变频率(Ks)、非同 义突变频率(Ka)、非同义突变率与同义突变率的比值(Ka/Ks)。如果 Ka/Ks1 ，则认为有正 选择效应。如果 Ka/Ks=1 ，则认为存在中性选择。如果Ka/Ks1 ，则认为有纯化选择作用。 Ks = 同义突变 SNP 数/ 同义位点数，即同义突变率 Ka = 非同义突变 SNP 数/非同义位点数，即非同义突变率 同义突变 SNP 数 = Σ 同义 SNP 非同义突变 SNP 数 = Σ 非同义 SNP 同义位点数= Σ 同义位点 非同义位点数 = Σ 非同义位点 uKaKs 或者 Ka/Ks 1 ，基因受正选择(positive selection) uKa ＝Ks 或者 Ka/Ks ＝1 ，基因中性进化(neutral evolution) uKaKs 或者 Ka/Ks 1 ，基因受纯化选择(purify selection) 检测序列的功能性（funcional or pseudo ） 筛选正在快速进化的基因（rapid evolution ） Ks 可以反映事件发生的时间（age ） 非同义替换率（氨基酸改变，dn ）与同义替换率的（氨基酸不改变，ds ）的比值（dn/ds ） 也经常被用于分化分析。 dn/ds 的比值为 1 表示所研究的基因在中性选择（ neutral selection ）下进化，小于0. 25 意味着纯化选择（purifying selection ）下进化，当比值大 于 1 时则被认为进行正向选择（positive selection ）下的进化(Hurst et al, 2002; Swanson et al 2003)。 对于研究蛋白编码序列突变的一种简单而有效的分类方法是将替换分成同义替换 (Synonymous substitution) 和错义替换(Non-synonymous substitution)。同义替换是 指那些可以引起所编码的氨基酸发生不改变的替换，一般认为这样的替换不会受到选择的压 力或者受到的选择作用比较小；非同义替换是指那些可以改变所编码的氨基酸的替换，这样 的替换有时候会导致新的功能。 依据密码子的简并性 (degeneracy)可以将核苷酸位点分成两类：同义替换位点 (Synonymous site)和错义替换位点(Non-synonymous site)。同义替换率和错义替换率定 义为：每代或者每年在每个可能的同义（错义）位点上实际发生的同义（错义）替换数目（rS, rN ）。然而由于对序列分化的时间不能确定，因此同义替换率(Synonymous substitution, Ks 或 dS)和错义替换率(Non-synonymous substitution rate, Ka 或 dN)可以定义为：在 两序列分化至今的 t 年里每个可能的同义（错义）位点上实际发生的同义（错义）替换数 目。因此有：Ka = 2rNt,Ks = 2rSt 。通过比较错义替换率和同义替换率的相对比值可以确 定这个基因在进化中受到的选择压力。Ka, Ks 的之间的比值是已经为人们所接受和广泛应 用的表现进化动力的指标。 与 dn / ds 比值相同 , 积累的非同义多态性 比率 (pN) scaled by the rate of synonymous polymorphism 同义多态性速率(pS)是我们了解选择性力量推动蛋白质编 码序列的进化。因此，在正向选择压力下 ，有高 pN / pS (i.e. 1)比率的基因更有可能进化。