合成生物学及其在生物技术中的应用进展 - 生物化学与生物物理进展.pdfVIP

生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biop hys ics 2012, 39(2): 105~ 118 成生物学及其在生物技术中的应用进展* 1) 2) 2) 1)** 吕静 孙洪磊 何 皓 傅鹏程 1) ( 中国石油大学(北京)化工学院重质油国家重点实验室，新能源研究中心，北京102249 ； 2) 中国石油天然气股份有限公司石油化工研究院，北京100195) 摘要 合成生物学是一门21 世纪生物学的新兴学科，它着眼生物科学与工程科学的结合，把生物系统当作工程系统“从下 往上”进行处理，由“单元”(unit) 到“部件”(device) 再到“系统”(system) 来设计，修改和组装细胞构件及生物系统. 合成生物学是分子和细胞生物学、进化系统学、生物化学、信息学、数学、计算机和工程等 学科交叉的产物 目前研究应 用包括两个主要方面：一是通过对现有的、天然存在的生物系统进行重新设计和改造，修改已存在的生物系统，使该系统增 添新的功能 二是通过设计和构建新的生物零件、组件和系统，创造自然界 尚不存在的人工生命系统 合成生物学作为一 门建立在基因组方法之上的学科，主要强调对创造人工生命形态的计算生物学与实验生物学的协同整合 必须强调的是，用 来构建生命系统新结构、产生新功能所使用的组件单元既可以是基因、核酸等生物组件，也可以是化学的、机械的和物理的 元件. 本文跟踪合成生物学研究及应用，对其在DNA 水平编程、分子修饰、代谢途径、调控网络和工业生物技术等方面的进 展进行综述 关键词 合成生物学，系统生物学，蓝藻，底盘，生物燃料 学科分类号 Q6 DOI: 10.3724/SP.J.1206.20 11.00583 遏物等，均用来构建具有特定功能的模块，将这些 1 合成生物学概述 模块插入细胞使生物系统具有了新的功能 目前， 1.1 新一代生物学 成生物学 合成生物学模块包括了诸如套环开关、串级开关、 20 世纪生物学研究一直以 “还原论”为指导， 脉冲发生器、时间延迟电路、振荡器、逻辑门电路 即对生物系统不断分解，直至细胞中的单个或有限 等 这些模块和其他模块一起工作时，可以用来调 个基因或蛋白质，然后孤立研究这些基因和/ 或蛋 控基因表达、蛋白质功能、代谢及细胞间的通 [3] 白质的结构和功能，以此了解生物现象 随着基因 讯 以基因工程技术和电子工程的电路设计原则 组测序和高通量筛选测量为标志的当代分子生物学 为基础的工作还包括利用启动子和阻遏子等基因元 的迅猛发展，以系统化设计和工程化构建为理念的 件构建最简单的组件创建可通用组装的，满足不同 合成生物学成为新一代生物学的发展方向 的组合要求的最简单的模块库[4] 应用例子包括逻 2000 年1 月《自然》(Nature) 同时发表了两篇文 辑门、闩锁(套环开关)[1, 5]和逆变器[6] 章 其一是Colins 团队研制出由两个抑制基因、 可以看出，合成生物学以信号传导、基因调控 两个抑制启动子以及一个作为报告基因的绿色荧光 以及细胞代谢的元件组装具有我们所希望的细胞功 蛋白(GFP)组成的一种双稳态 “基因套环开关”，可 [1] 对选择的细胞功能进行开关 其二是Elowitz 和 * 国家重点基础研究发展计划(973)(201 1CB200902