小鼠急性未分型流感嗜血杆菌中耳炎差异基因的互作 - 中华耳科学杂志.pdfVIP

·94 · Chinese Journal of Otology Vo1.15,No.1 , 2017 ·基础研究 · 小鼠急性未分型流感嗜血杆菌中耳炎 差异基因的互作网络特征分析 1 2 ，3 2 2 2 1 2 刘佳丽 王维 王子萌 范芳梅 马毓蓉 余林 何於娟 1重庆医科大学附属第一医院耳鼻咽喉科（重庆400016 ） 2 重庆医科大学检验医学院,临床检验诊断学教育部重点实验室（重庆400016 ） 3 重庆市第六人民医院（重庆400080 ） 【摘要】目的利用基因表达数据库（GEO）查找小鼠中耳炎表达谱基因芯片原始数据，建立中耳炎基因互作网 络图。方法从公共数据库GEO 中下载小鼠中耳炎相关数据集，采用Affymetrix Expression Console 软件和Tran⁃ scriptome Analysis Console （TAC ）软件筛选差异表达基因，将差异基因导入STRING 在线数据库进行分析，绘制差 异基因互作网络图，并将互作网络数据导入Cytoscape 3.4.0 软件中，筛选网络中心节点，并取其中相对独立、作用较 为集中且与炎症基因相关子网络，采用David 在线工具对其进行功能注释富集分析。结果共筛选出1166个差异 表达基因，其中表达上调793 个，表达下调373 个，经STRING 在线工具筛选后共有459 个小鼠中耳炎差异基因编码 的蛋白存在相互作用，并得到相应蛋白互作网络，分析其中与炎症相关子网络。结论本研究利用生物信息学技术 构建了中耳炎差异基因互作网络，其中的网络中心节点基因，对于中耳炎分子机制研究及靶向治疗具有指导作用。 【关键词】未分型流感嗜血杆菌；中耳炎；基因芯片；互作网络 【中图分类号】R764.21 【文献标识码】A 【文章编号】1672-2922 （2017 ）01-94-5 Interaction network analysis of differentially expressed genes in mice with unclassified haemophilus influenzae induced otitis media Liu Jiali1, Wang Wei2,3, Wang Zimeng2, Jin Chunfang2, Fan Fangmei2, Ma Yurong2, Yu Lin1, He Yujuan2 1 Department of Otorhinolaryngology,The First Affiliated Hospital of Chongqing Medical University, Chongqing 400016 2 College of Laboratory Medicine, Chongqing Medical University,Chongqing 400016,China 3 College The Sxith People ’s Hospital of Chongqing City,Chongqing 400080,China Corresponding author:He Yujuan Email:yjhemail@126.com 【Abstract 】Objective Using bioinformatics methods to analyze gene expression microarray of otitis media in order to establish a pr