并行程序实现ABEEMσπ模型电荷分布计算.pdfVIP

第31卷第2期 辽宁师范大学学报(自然科学版) Vo1．3l NO．Z 2008年 6月 Journal of Liaoning Normal University(Natural Science Edition) Jun． 2008 文章编号：1000-1735(2008 J02-0177-04 并行程序实现ABEEM OTr模型电荷分布计算 杨忠志 ， 刘 娇 ， 宫利东 ， 刘青昆。， 马 丽。 (1．辽宁师范大学化学化工学院，辽宁大连 116029； 2．辽宁师范大学 物理与电子技术学院，辽宁 大连 116029； 3．辽宁师范大学 计算机与信息技术学院，辽宁大连 116029) 摘 要：对以密度泛函理论和电负性均衡原理为基础发展的原子一键电负性均衡方法中的o7【模型(ABEEM仰模型) 进行分析得出，利用该模型计算分子体系的电荷分布时，最耗费时间的部分是求解线性方程组．根据解线性方程组的 串行程序，我们提出在并行环境下不带平方根的Cholesky分解方法．结果表明，利用改编后的并行程序能快速而准确 地计算分子的电荷分布，算法随着矩阵规模的增大，并行效率也随之增高，郎分子体系越大结果越理想．因此本算法适 用于大规模问题的计算． 关键词：ABEEM d7c模型；电荷分布；并行计算；Cholesky分解 中圈分类号：0641．121 文献标识码：A 1 概述 原子一键电负性均衡中的 7c模型(ABEEM 7c模型)方法n唱 计算分子体系电荷分布是利用解线性 方程组求得最终结果，原程序中解线性方程组采用的是串行的Cholesky分解方法 ]．这种方法虽然 比其他的方法要节省时间，但是当研究较大体系的电荷分布，如包含有成千上万个原子的生物分子体 系，还是需要很长的时间，这大大降低了研究问题的效率．针对这种情况，我们提出了用不带平方根的 Cholesky分解方法解线性方程组的并行程序．利用编写的并行程序，计算了大分子体系的电荷分布，在 较短的时间内就得到了理想的计算结果． 1．1 理论基础 包含孤对电子和7c电子区域的ABEEM分子体系总能量表达式为： 啦 M f—l、 口{ [ 一 g + q：]+ [号 善kH-bond cRtp,H—l 口∈f ∈b i ， 十号五 i b ‘ 虹· 口∈ (口≠ ‘、蛆，芦一， ]} (1) 其中N 。 表示体系中分子的个数，求和遍及体系中所有分子； 、 和q 分别表示分子 中任意区域口 的价态化学势、价态硬度和部分电荷；lp和 H表示形成氢键的孤对电子和氢原子． 根据密度泛函理论中的电负性均衡原理Ⅲ。引，由式(1)就可以定义在体系中第i个分子的任意一个 区域口(原子、化学单键、孤对电子以及双键的 和万区域)的有效电负性： Nmol ， ． 2灿+ kH-bond(RZp,H) 十五磊 + 一6 J ，蚤 6(≠口) ，玉 —l(，≠ ) 6∈ 善kH-bond(Ria,~)巷+k J ，／a 6 J ，声 巷／a} (2) 其中 =一 是分子i中任意一个区域口的价态电负性． 设每个分子保持电中性，当然整个体系也就是电中性的，分子间不存在电荷的转移．因而含有N 。。 个分子的体系中就有N 。t个电荷守恒方程： ∑q =0 (3) 根据电负性均衡原理，分子中每一处的电负性都相等，