环境相关典型生物酶体系催化反应机理概述.docVIP

　　环境相关典型生物酶体系催化反应机理概述 第一章绪论 1.1酶与环境 酶(Enzyme)这一概念是1878年由德国生理学家R核磁共振技术、酶促反应动力学、同位素标记等手段完成的。这些实验手段对于从原子水平上揭示酶分子的三维结构、探索酶的催化反应速率以及分析某些氨基酸对酶催化反应能力的影响有着重要的意义。然而，酶催化反应中的过渡态、中间体这些不稳定物质的结构、性质难以通过实验手段得到，而这类物质恰恰是研究酶催化反应的关键。并且，酶的结构和其催化能力的相关性，以及辨别在同一催化体系中不同催化反应路径的可行性也一直是悬而未决的问题。Arieh ichael Levitt两位科学家于1976年首次使用量子力学/分子力学联用方法(QM/MM)用于模拟溶菌酶的催化反应[26]。然而自上世纪70年代以来QM/MM方法一直发展较为缓慢，直到近年来得益于计算机技术的高速发展，该方法才在研究酶体系时展现出强大的生命力。2013年10月9日，瑞典皇家科学院宣布将诺贝尔化学奖授予Martin Karplus、Michael Levitt以及Arieh/MM方法在模拟复杂大分子体系、特别是酶催化反应体系方面的应用。目前QM/MM方法己经成为世界上研究酶催化反应的重要研究手段之一。QM/MM方法能够从原子水平上得到实验上无法得到的反应过程中间体、过渡态的结构信息，并且可以对实验结果加以验证、解释、补充，有力的弥补了实验方法的局限性。 第二章基本理论和计算方法 2.1量子力学与量子化学方法 量子力学是研究基本粒子、原子核、原子、分子等微观粒子的基础理论方法。量子力学的诞生不仅奠定了现代物理学的理论基础，还为认识物质化学结构提供了有效的理论手段，而量子化学是应用量子力学的基本原理在原子分子水平上研究化学问题的一门基础学科。量子化学方法主要包含分子轨道理论方法(Molecular orbital theory)、价键理论方法(Valence bond theory)以及密度泛函理论(Density functional theory)方法。其中，分子轨道理论方法的核心是Hartree-Fock-Roothaan方程，简称HFR方程，该方程是从第一性原理出发，在不引入任何试验参数的基础上用变分方法解方程，求出原子-分子体系的能量和波函数，所以这一方法也被称作从头计算方法。当然，从头计算并非不做任何近似，原则上它至少做了 Bom-Oppenheimer近似、非相对论近似、以及独立电子近似等。对于分子体系，由于该方程把分子轨道展开为一组己知函数的线性组合，还造成了基组近似。对一般的分子体系而言，电子相关能在总能量中所占的百分比不到1%，然而，涉及到电子激发、反应路径等过程时，必须要考虑这一问题，于是就有了考虑相关能的种种post-SCF方法。其中多体微扰计算方法是目前使用较多的考虑相关能校正的方法。多体微扰方法是将多电子体系的Hamilton算符与Fock算符的差作为体系的微扰项，应用Rayleigh-Schrodinger微扰方法计算。现在最常用的多体微扰方法是MoUer-Plesset(MP)方法，对体系基态能量的校正不同，有不同的能量结果，考虑二级校正的MP方法简称为MP2,考虑n级校正的MP方法简称MPn。随着校正级数的增加，计算结果越逼近真实值，但同时计算量也急剧增加，目前在具体的计算过程中使用的较多的是MP2方法，能考虑大约60%的相关能。 2.2分子力学与分子动力学方法 分子力学，又叫力场方法(Force field method),是一种用于分子势能近似计算的方法。分子力学方法计算过程中不考虑电子，势能的求解仅仅与体系中原子核的空间坐标有关，原子核空间坐标的改变会引起分子内键长、键角、二面角的改变，也会引起分子间范德华力以及静电作用力的改变，分子动力学(Molecular Dynamics)是研究体系中所有粒子的运动状态随时间的演变，然后通过求解体系的系综平均，获得体系的热力学量和其它宏观性质的一种方法。其中系综是Josiah Gibbs用统计方法描述热力学系统的统计规律时引入的一个概念，具体指在一定的宏观条件下大量性质、结构完全相同的处于各种运动状态并各自独立的系统的集合。原则上讲，量子化学方法也可以用于动力学模拟，如CPMD (Car-Parillino Molecular Dynamics)方法[96]，但是由于其计算量庞大，目前难以得到广泛的应用。本论文中涉及到的分子动力学模拟都是建立在分子力场基础上的。通常分子动力学方法分为以下六步：为所研究体系设定合理的初始模型；设定模型体系的初始条件，其中初始坐标一般由实验数据（XRD或NMR)得到，初始速度一般根据Maxann分布对每个粒子随机给出；设定体系的力场，如CHARMM力场?，求解运动方程