鸡新城疫病毒f基因的克隆及序列分析 - 中国农学通报.pdfVIP

中国农学通报 2014,30(26): 11-16 Chinese Agricultural Science Bulletin 鸡新城疫病毒F基因的克隆及序列分析 1,2 1,2 1,2 1,2 1,2 1,2 1,2 1,2 安 琦 ，申 燕 ，原 韬 ，刘 颖 ，金丽颖 ，高冬妮 ，葛菁萍 ，平文祥 1 （黑龙江大学生命科学学院/微生物省高校重点实验室，哈尔滨150080； 2 农业微生物技术教育工程研究中心，哈尔滨150500） 摘 要：研究旨在从分子生物学角度研究新城疫病原F基因，探究NDV F基因的遗传变异情况及其蛋白 结构。提取新城疫病毒基因组RNA ，根据GenBank 中已知的NDV La Sota 株序列设计引物扩增F基因， 将其克隆到pMD 18-T 载体后进行鉴定，对鉴定正确的重组质粒pMD-NDV-F 进行测序分析。应用生物 信息学软件对新城疫病毒F基因进行系统进化树分析、氨基酸序列同源性分析、蛋白结构跨膜区分析及 F 蛋白三级结构的预测。核苷酸序列测定结果表明：F基因为1792 bp ，共编码553 个氨基酸；生物信息 学分析结果表明：F基因在种属间具有较高的保守性，试验获得的F基因与NDV La Sota 、Clone30、V4 、 B 1等弱毒株的一致性较高，具有典型的弱毒株特性，F基因的氨基酸序列与新城疫病毒La Sota 株F 基 因的序列同源性最高可达100% ；F 蛋白的三级结构预测结果显示：F 蛋白部分片段与新城疫病毒F 蛋白 融合片段的相似性为96%。研究为新城疫病毒的分子病毒学研究奠定了基础。 关键词：新城疫病毒；F 基因；RT-PCR ；序列分析 中图分类号：Q786 文献标志码：A 论文编号：2014-0092 CloningandSequenceAnalysisofFGeneofNewcastleDisease 1,2 1,2 1,2 1,2 1,2 1,2 1,2 1,2 AnQi ,ShenYan ,YuanTao ,LiuYing ,JinLiying ,GaoDongni ,GeJingping ,PingWenxiang 1 (HeilongjiangUniversity/CollegeofLifeScience,KeyLaboratoryofMicrobiology,Harbin150080; 2AgriculturalMicrobeTechnologyofEducationEngineeringResearchCenter,Harbin150080) Abstract: This research aims at studying the F pathogen gene of Newcastle disease from the angle of molecularbiology,exploringthegeneticvariationandproteinstructureof（NewcastleDiseaseVirus,NDV）F gene.TheRNAgenomeofNDVLaSotastrainwasextracted,Primer5.0analysissoftwarewasutilizedtodesign primersaccordingtothesequenceofNDVLaSotastrainpublishedontheGenBank.Fgenewasamplifiedand clonedtothepMD18-Tvector.Therecomb