情报科学の学び方 バイオインフォマティクスの基础として.ppt

情報科学の学び方バイオインフォマティクスの基礎として 萩谷 この時間の目標 （１）情報科学というのは そもそもどのような学問であるか （おおよそ、学ぶべき科目として どのようなものがあり、 それがどのような関係になっているか、 情報科学そのもののマップ） この時間の目標 （２）それらが、バイオインフォマティクスで 学ぶべきことと、おおよそ どのような関係にあるか （例えば、配列解析や遺伝子発見の アルゴリズムをちゃんと理解するためには、 情報科学の何々を勉強する必要あり、 というようなこと） この時間の目標 （３）情報科学において、 上記（２）のようなことを 勉強したいときに、 教科書としてどのようなものがあるか、どのような講義が例えば東大 （コンピュータ科学）の中で 開講されているか この時間の目標 （４）それからこれは大変難しい問題ですが、バイオインフォマティクスの研究者や 開発者としてこれから生きて行くためには、情報科学（のどの分野）をどの程度 きちんと勉強すべきなのか、 その指針や心構えみたいなものを示す バイオインフォマティクスのための情報科学の基礎 計算機システムの基礎 ネットワーク管理 プログラミング アルゴリズム 形式言語 情報理論?数理統計 連続系アルゴリズム（数値解析） データベース?知識表現 バイオインフォマティクス教育カリキュラム /society/curriculum.pdf 計算機システムの基礎 ハードウェア コンピュータ?アーキテクチャ CPU、キャッシュ?メモリ、メモリ ハード?ディスク、入出力装置 オペレーティング?システム ファイル?システム、プロセス管理 プログラミング言語 コンパイラ、アセンブラ、ローダ?リンカ コンピュータ?ネットワーク インターネット ネットワーク管理 オペレーティング?システムのインストール ユーザ管理（UNIXならばNISサーバ） ファイルの共有（UNIXならばNFSサーバ） ネットワークの敷設 ファイア?ウォールの構築 ルーティング、ネーム?サーバ メール?サーバ、Webサーバ、SSH 各種のアタックやウィルスへの対処 プログラミング 日常的プログラミング C、Java shell、perl システム?プログラミング C、Java、アセンブラ 分散プログラミング webプログラミング － CGI Java 並列プログラミング MPI たとえば、 実践 バイオインフォマティクス ゲノム研究のためのコンピュータスキル Cyntbia Gibas、Per Jambeck 著 水島 洋 監修?訳 明石 浩史、ま たぬき 訳 オライリー?ジャパン II部 ワークステーション －システム環境－ アルゴリズム データ構造とアルゴリズム A.V.エイホ?J.E.ホップクロフト?J.D.ウルマン著 大野義夫訳 培風館 アルゴリズムとデータ構造 理学部情報科学科４学期 基本的なデータ構造とそのアルゴリズム ソート アルゴリズムの解析法 アルゴリズムの設計法 基本的なデータ構造 リスト、スタック、待ち行列、写像 木 ２分木 集合 辞書 ハッシュ表 優先度つき待ち行列、２分探索木 トライ、平衡木、MFSET 有向グラフ 無向グラフ 基本的なアルゴリズム 有向グラフ 最短経路問題 強成分 無向グラフ コスト最小の極大木 関節点と二重連結成分 グラフのマッチング ソート クイックソート、ヒープソート ビンソート、基数ソート 比較によるソートの下限 アルゴリズムの設計法 分割統治アルゴリズム 動的計画法（ダイナミックプログラミング） ワールドシリーズの賭け率 三角形分割問題 欲ばりアルゴリズム 巡回セールスマン問題 バックトラッキング ゲームの木?巡回セールスマン問題 局所的な探索アルゴリズム 最小コストの極大木?巡回セールスマン問題 動的計画法 ワールドシリーズの賭け率 P(i,j):　Aがシリーズに勝つまでにあと i 勝、 　　　　 Bはあと j 勝という状況で、 　　　　 最終的にAがシリーズに勝つ確率 P(i, j) = 1, i=0 かつ j0 = 0, i0 かつ j=0 = (P(i-1, j) + P(i, j-1))/2, i0 かつ j0 動的計画法 三角形分割問題 アラインメント 二つ（複数）の文字列の比較 音声認識?文字認識 DNAやタンパクの比較 動的計画法 二つの配列 s と t の間の類似度 a[i, j]: 部分配列 s[1..i] と t[1..j] の間の類似度 a[i, j] = max{a[i, j-1] - g,