用基因芯片检测单核苷酸多态性反应原理3.PDF

中国生物工程杂志 　Ch ina B iotechno logy, 2005, 25 ( 11) : 52 ～56 用基因芯片检测单核苷酸多态性反应原理 1 1 2 3 4 张小燕 　左明雪 　张占军 　王 　忠 　李 　瑶 ( 1 北京师范大学生命科学院　北京 　100875　2 北京中医药大学临床医学院　北京 　100086) ( 3 中国中医研究院西苑医院　北京 　10009 1　4 复旦大学生命科学院　上海 　200032) 摘要 　基因芯片技术因其高通量 、高效率的特点被用于第三代遗传标记单核苷酸多态性位点的 筛选 。近几年 SN P芯片研究在反应原理方面取得了重大进展 ,其中包括基于核酸杂交反应的芯 片 、基于单碱基延伸反应的芯片 、基于等位基因特异性引物延伸反应的芯片 、基于 “一步法 ”反应 的芯片 、基于引物连接反应的芯片 、基于限制性内切酶反应的芯片 、基于蛋白DNA 结合反应的芯 片 ,及基于荧光分子 DNA 结合反应的芯片 。比较了上述各种芯片技术方法的优劣 ,为进一步科 研工作的开展提供了参照 ,并综述了 SN P芯片在疾病基因组学 、药物遗传学和个体识别等科研领 域的应用 ,且对其今后的发展方向进行了阐述 。 关键词 　基因芯片 　单核苷酸多态性 　疾病基因组学 　　随着 200 1年人类基因组研究的完成 ,涌现出大量 　　目前已有多种方法可用于 SN P 检测 ,传统的 SN P 可利用且亟待分析筛选的基因组数据 ,这就要求有大 检测方法是采用一些已有的成熟技术 , 如 DNA 测序 、 规模 、迅速的检测方法与技术来完成大量候选基因中 ( 限制性酶切片段长度多态性 restriction fragm en t length ( 的遗传标记的筛选 。单核苷酸多态性 single nucleotide polymorp h ism , RFLP ) 、单链构象多态性 ( single strand ) ( ) polymorp h ism , SN P 与基因芯片 m icroarray 相结合的 conform ational polymorp h ism , SSCP ) 、变性高效液相色 战略正是应这一需求脱颖而出 ,成为生命科学界关注 谱 ( denatu ring h igh p erform ance liqu id chrom atograp hy, 的新焦点 。 ) DHPLC 等 。这些技术虽在某种程度上能完成对 SN P 1　SNP芯片技术简介 的检测 ,但距快速 、高效、自动化的 目标还相差甚远 。 DNA 芯片技术是近年来新开发的一种 DNA 序列变异 　　单核苷酸多态性是由基因组核苷酸水平上的变异 检测工具 。其原理是利用 目标 DNA 与支持物上所固 引起的 DNA 序列多态性 , 包括单个碱基的转换 、颠换 定的密集的寡核苷酸探针阵列进行等位基因特异性反 以及单个碱基的缺失和插入 。其中最少的一种等位基