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差异筛选结果以及聚类结果解读 如何挑选差异基因和处理聚类 GCBI顾问服务部 顾丽朋 微信 QQ 课堂内容 差异 聚类 结果 分析 解读 解读 差异筛选  目的：找到特异性表达基因  方法：倍数法、T检验、F检验、SAM 等  参数选择：P值、Q值、Fold-Change 案例剖析-GCBI在线实验室 倍数法：没有生物学重复，比如1个或者2个样本  GCBI 在线实 验室 SAM ：有生物学重复，比如3个样本以上 差异筛选-两分组 COPY BY ALF与正常样本的比较-2倍结果 差异数据结果-两分组 实验和对照 差异筛选条件 组内均值 差异倍数显著性判断_Q值 探针的注释 差异倍数 差异数据结果-多分组 差异数据结果-多分组 组内均值 显著性判断 Q 如何进行差异基因挑选  两分组：显著性，差异倍数大，同时考虑样本的信号值，避 免验证时的假阳性  多分组：显著性，同时考虑样本的信号值，避免验证时的假 阳性 SAA1 基因信息 基因信息 基因信息 差异图像结果 （火山图、聚类图） 火山图 下调差异结果 上调差异结果 （两分组比较） 纵轴：代表对p值取-log10 横轴：代表对fold-chang取log2 不差异结果 聚类图 聚类分析：基于研究对象属性的相似性对研究 对象进行分组，使组内样本相似，组间样本有差异 1.将研究对象定为样本，则衡量样本相似性的属性即是基因，基 于基因表达的相似性可以将mRNA表达相似的样本聚为一类 2.将研究对象定为基因，则衡量基因相似性的属性既是样本，基 于基因在样本空间中表达的相似性可以将基因进行聚类 聚类图解读 样本聚类 基因聚类 基因的表达丰度 样本名称 CLUSTER下载与安装  /s/1jGuBl9W 1.安装Java 2.安装Cluster 3.安装TreeView 谢谢