北京师范大学脑成像中心神经影像训练工作坊.pdfVIP

BICBR Neuroimaging training workshop, August 12-16, 2007 Lab 1 MRIcro 和 SPM2 的安装和介绍 实习内容 MRI 实验：扫描室参观及被试准备 1. 控制室简单介绍 2. 被试实验准备 3. 扫描 ACR 水模 (localizer 、MP-RAGE) 数据处理：MRIcro 和 SPM2 的安装及介绍 1. 数据：ACR phantom image 2. 软件：MRIcro (version 1.40), SPM2 3. 内容： 1) Matlab 简介 2) SPM2 安装及主界面介绍 3) MRIcro 安装及主界面介绍 4) 用 MRIcro 查看 ACR 图像 数据介绍 实验数据可以从CD 中获得（在Data\Lab1\Data 目录下），是由Siemens 3T Trio Scanner 扫得的 ACR 水模的 Mosaic 格式的原始数据。共有 192 个文件，文件名 依次为： BNU_TRAINING_MPRAGE_ACR_1.MR.8.158.2007.08.08.125000.7522244.IMA … BNU_TRAINING_MPRAGE_ACR_192.MR.8.158.2007.08.08.125000.7522244.IMA 所需软件 本实验需要 MRIcro(version 1.40)和 SPM2 两个软件，下载地址如下： MRIcro ：/comd/rorden/mrizip.zip SPM2： http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/software/ Matlab 6.5 介绍 1. Matlab 界面 在所有实验中，我们将使用 Matlab 6.5 软件包 (The MathWorks, Inc.) 。在安 装完毕后，双击快捷方式图标打开 Matlab 。点击Matlab 窗口上方的 View 菜单， 勾选 Command Window, Command History, Current Directory 和 Workspace 。这时， Matlab 将呈现四个子窗口： 1／10 BICBR Neuroimaging training workshop, August 12-16, 2007 Command Window ：位于右下方。即指令窗口，是键入指令的地方，也是Matlab 显 示计算结果的地方； Command History ：位于左下方。即历史命令窗口，存放历史输入命令； Current Directory ：位于左上方。即当前工作目录，显示当前目录下的文件信息； Workspace ：位于右上方。即工作空间，存放变量在内存中。 Fig.1 就是 Matlab 的标准工作界面，上述四个子窗口可以自由拖动改变位置： Fig.1 Matlab 6.5 的主界面 这时，Matlab 处于准备接受命令的状态，可以在命令窗口（右下方的子窗口） 中直接输入命令语句。 2. Matlab 基本命令 设置当前工作路径： 1. 在 Windows 下建立一个新文件夹，如： D:\work\MPRAGE_ACR\ 2. 在 Matlab 的指令窗口中键入： cd D:\work\MPRAGE_ACR\ 这样，就将 Matlab 的当前工作路径设置在上述路径下了。 3. 在 Matlab 的指令窗口中键入：“pwd ”，然后回车 4. 这时，Matlab