生物信息软件Haploview软件使用,单倍型分析.PDFVIP

生物信息软件Haploview 软件使用，单倍型分析 by 柳城 Haploview 是一个进行单倍型分析的一个软件，该软件具有如下功能： 1.连锁不平衡与单倍型分析 2.单倍型人群频率估算 3.SNP 与单倍型关系分析 4.相互关系的排列测验 5.可以从HapMap 上直接下载基因型信息 网址：/haploview 下载：Windows 版： HapInstall.exe Mac / Unix / Linux Haploview.jar （安装：java -jar Haploview.jar） JAVA 下载在安装该软件之前，必须先安装一个“JAVA ”，Haploview 必 须在JAVA 环境下才能运行。 首先要选择要分析数据的类型，包括Linkage format 、Haps format 、Hapmap format、Phase format 等。我们主要选Hapmap format 这种类型。这种类型的数据可以直接从Hapmap 网站 ()中直接下载。 1，进入Hapmap 网站。依次：Data/Generic Genome Browser(数据/通用基因组浏览器) 。输 入要查询的基因名称，如xrcc1 ，在右面选择“显示 SNP genotype data ”, 点击配置。 根据需要选择CHB( 中国汉族人群) 。Output format （打开格式）选择Open directly in HaploView （输出后的文件可直接导入Haploview 软件）。 点击“执行”，将文件保存到指定位置比如桌面。打开haploview 软件，选择 Hapmap format， 点击browse，选择刚刚下载下来的文件。 左边的LD Plot 表示该基因所以snp 的的连锁情况，各个方块的颜色由浅至深（白——红）， 表示连锁程度由低到高，深红色表示完全连锁。 在方块上点击右键，可以看到连锁的具体信息。点击“tagger ”，可以进一步选择标签 snp 。 r2 指的是两个位点间的统计学关联。一般认为两点间的r2 大于或等于0.8，就可以用一个点 代表另外一个点。 点击“Run Tagger”, 即可出现符合条件的tagger snp （标签snp ）。 Hapmap 网站简介：国际人类基因组单体型图计划（简称HapMap 计划）是由加拿大、中国、 日本、尼日利亚、英国和美国共同资助和合作进行的项目，旨在建立一个将帮助研究者发现 人类疾病及其对药物反应的相关基因的公众资源。