酵母菌中多倍体基因组的基因分析.docVIP

酵母菌中多倍体基因组的基因分析 多倍体，即染色体成套的增加，在发育，细胞应激，疾病和进化中出现。尽管多倍体现象很普遍，但很少有人了解伴随着多倍体的生理变化。我们之前描述过“多倍体特异性致死”，在单倍体或二倍体出芽酵母不具有致死性的基因缺失对于三倍体或者四倍体酵母来说却具有致死性。这里我们研究基因组是为了明确多倍性特异性致死的作用。在被检测的3740个突变中只筛选出39个表现出多倍体特异性致死现象，几乎所有的突变都是通过损害同源重组、姐妹染色单体的结合或者有丝分裂纺锤体的功能来影响基因组的稳定性的。我们发现被检测的野生型四倍体的缺陷，并且明确了四倍体影响基因组稳定性的机制。我们发现四倍体有较高的发生率去附着纺锤体的单极，我们认为这个缺陷可以用错配来解释以扩大纺锤丝极体、纺锤体和着丝粒的限度，因此，几何约束可能对基因组的稳定产生深远的影响，在这里描述的现象可能与多种多样的生物演化关系相关，包括像癌症这样的疾病。 多倍体在自然界中很常见，所有生物体的多倍体现象发生在植物，真菌，无脊椎动物以及像鱼和两栖动物这样的低等脊椎动物中。原因尚不清楚，但多倍体在高等脊椎动物中是不能存活的，我们认为多倍体现象在进化中也经常发生。基因组序列表明，很多同时代的基因组，包括高等脊椎动物的基因组，是由原始的基因副本进化而来，保存了基因顺序和方向的复制的基因组片段在很多酵母菌和人类的基因组都是很明显存在的，这些发现与Ohno的假设是一致的，这个假设是：基因复制产生了进化多样性的基础。 多倍体也会在另外一些整倍体有机体的一小部分细胞中发生。在绝大多数环境下，细胞在特定的机制——核内周期——的作用下会变成多倍体，它截断了细胞周期并且阻止了细胞分裂。然而，一些细胞类型，像肝细胞，能够像多倍体细胞一样分裂，并且很多细胞类型在病态的情况下变成多倍体，以便在病毒感染之后或者处于像癌症这样的病态时对细胞应激做出反应。因此，多倍体只出现在特定的细胞类群以及生理环境下，至少在发育过程中，存在一些机制来限制多倍体细胞的分裂。 多倍体具有一些潜在的优势。伴随体积的增大，多倍体可提供代谢方面的好处。比如，大肠杆菌在限制营养素的环境中能够自发地变成多倍体，原则上基因重复能够保护多倍体细胞防止有害的突变，尽管在测试时，它不能抵抗DNA破坏性物质。然而，多倍体也有代价，特别地，新组建的多倍体经常显现在保持基因稳定方面的缺陷。四倍体出芽酵母在DNA破坏机构或者微管动摇药物的处理后表现出较高比率的染色体损失以及较高水品的突变和重组，在很多四倍体动物细胞中，可以发现在胞质分裂失败或细胞融合后出现的不正常的有丝分裂导致的染色体错误的分离。基因不稳定的四倍体细胞可能促进肿瘤发生，这个观点是我们最近用老鼠乳腺上皮肿瘤发生的模式确定下来的，新形成的多倍体细胞基因组的不稳定能够加速新的变体的产生，在生物进化以及肿瘤形成发挥的作用之间增加平行分支。 尽管基因组的不稳定通常与多倍体相联系，潜在机制我们并不了解，更广泛地说，伴随着多倍体生理变化的范围还不是很清楚。我们以前识别的遗传现象，为我们提供了一条探寻这些问题的实验的道路，我们发现编码微管/着丝粒结合蛋白Bikl的基因的缺失会导致“多倍体特异性致死”，但是Bikl⊿的单倍体或是二倍体是可以存活的。多倍体特异性致死现象表明伴随着多倍体会发生显著的生理变化，定义生理变化的第一步来自多倍体，我们设计了基因组策略来鉴别多倍体特异性致死作用，检测结果揭示了四倍体细胞有一个强大的特定的对一小组涉及维持基因组稳定性的基因的需要。四倍体细胞最显著的缺陷在有丝分裂时，我们认为有丝分裂的缺陷能够至少一部分由纺锤体组分大小不匹配来解释，因为几何约束自然减少了染色体分离的准确度。 多倍性特异性致死的基因检测 我们开发出一个策略来制造出芽酵母菌株二倍体纯合子基因缺陷组成的四倍体衍生物。基因替换盒是用来删除接合型MATa或者MATα位点将不接合的MATa/α转变成具有接合能力的MATa/⊿或者MAT⊿/α双倍体，从它们中我们可以筛选出四倍体。 使用这个策略，我们从存活的4766个双倍体纯合子基因缺陷中获得了3421对MATa/⊿ MAT⊿/α缺陷菌株（占可存活的酵母基因缺陷的71.8％）并通过两两配对来分析。我们识别出了酵母菌四倍体存活所需的17个基因，缺少这些基因的多倍体特异性致死已经被质体交换的方法独立地验证，这就证明了突变菌株在鉴定中得分，是因为四倍体的致死性和降低了的适应性而不是因为杂交的缺陷。 至少两类突变不能由我们的方法得到：必需基因和缺少同源重组的突变（由于MAT位点的无效的替换）。我们因此使用了质粒交换的方法来构建四倍体菌株。对于必需的基因，我们注重由基因组检测识别出来的功能相关的基因，因此对这些基因的特征描述就不具有广泛性。我们分析了热敏突变在不同中温下的生长缺