一种快速比对非编码RNA序列_结构的算法_宋佳.pdfVIP

网络出版时间：2013-12-30 17:01 网络出版地址：/kcms/detail/32.1668.N1701.013.html 年 月 第 卷第 期 一种快速比对非编码 序列 结构的算法 宋佳 许 力 孙 洪 浙江大学 电气工程学院 浙江 杭州 苏州市职业大学 电子信息工程学院 江苏 苏州 摘要 针对目前基于共变模型的非编码序列搜索软件计算效率低的缺点对非编码 家 族的成员序列与家族共变模型的比对结果进行了分析在传统共变模型中加入了二级结构中 结构单元的长度分布信息 设计了一种结构单元的长度限制算法 并根据各个结构单元的长度分布 对家族中的序列在进化过程中出现插入和删除的次数进行了限定从而显著降低了序列结构比对 的计算时间应用编写程序实现该方法并对非编码进行搜索测试结果表明与基于传 统共变模型的搜索方法相比本方法在不影响搜索精度的同时能够显著减少序列结构比对所需的 计算时间特别是对于包含大量核苷酸的序列计算速度的提高更加明显在对 家族搜索时 可获得 倍的加速效果 关键词 非编码 序列结构比对 共变模型 结构单元 改进的共变模型 中图分类号 文献标志码 文章编号 引文格式 宋佳 许力 孙洪一种快速比对非编码序列结构的算法 江苏大学学报自然科学版 收稿日期 基金项目 江苏省自然科学基金资助项目 作者简介 宋佳 女江苏苏州人博士研究生 主要从事生物信息学智能控制研究 许力 男江苏无锡人教授博士生导师 主要从事智能控制机器人控制工业自动化研究 第 卷 序列比对是分子生物学研究的基础和重要手段 小的基因组包含大约一百万个核苷酸 在这样一个基