第十章-微生物的分类和鉴定.pptVIP

 微生物分类学是一门按微生物的亲缘（等级）关系把它们安排成条理清楚的各种分类单元或分类群的科学。 具体的任务包括：分类，鉴定和命名。 第一节 通用分类单元 分类单元是分类工作中的客观操作单位，有特定的名称和分类特征。 种以上的分类单元，由上而下依次是：界、门、纲、目、科、属、种。 分类单元之间还可可加入亚门、亚纲、亚目、亚科等次要分类单位。 种也叫物种，是生物分类系统中最基本的分类单位。 在微生物中，一个种只能用该种内的一个典型菌株来作具体标本，故这一典型菌株就是该种的模式种。 菌株：表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖而成的纯遗传性群体极其一切后代。 种以下的分类单元有亚种，变种，型和菌株。 P341，表10-2 。 学名=属名+种的加词+（首次定名人）+现名定名人+定名年份 排斜体字 排正体字（一般省略） （三）菌株和新种的命名 新种：权威性的分类、鉴定手册中从未记载的一种新分离并鉴定过的微生物。发表文章时，确定为新种，在学名后加sp.nov (species nova) 。 如：北京棒杆菌AS 1.299，新种 Corynebacterium pekinense sp.nov AS 1.299 第二节 微生物在生物界的地位 1、两界系统：1753年，瑞典博物学家林奈，在其名著《植物种志》中，第一次科学地提出动物界、植物界两界系统。 2、三界系统：1866年，德国动物学家E.H.Haeckel 建议在动物界和植物界之外，应加上一个由低等生物组成的第三界：原生生物界，它主要由一些单细胞生物和无核类生物组成。 3、四界系统：1956年，Copeland提出了生物可分为四界的学说，即：动物界、植物界、原始生物界（原生动物、真菌、部分藻类）和菌界（细菌和蓝细菌）。 第三节、 各大类微生物的分类系统纲要 伯杰氏系统细菌学手册（Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology）。 第一版名为《伯杰氏鉴定细菌学手册》，主要编者为美国学者D. Bergey等人在1923年编写。此后，由其他学者不断修订，已先后出版了11个版本。 从1980年起，该手册组织了国际上20多个国家的300多位专家，合作编写了4卷本的新手册，书名改为《伯杰氏系统细菌学手册》，并于1984年至1989年间分4卷陆续发行。此书是目前国际上最为流行的实用版本。 《伯杰氏系统细菌学手册》的第二版从2000年起分成5卷陆续发行。 第四节 微生物的鉴定 微生物的鉴定方法： （1）细胞的形态和习性水平（经典分类鉴定）； （2）细胞的组分水平（细胞壁、脂类、醌类和光合色素成分分析）； （3）蛋白质水平； （4） 核酸水平； 二、 现代的分类鉴定方法 （G+C）mol%值，简称“GC比”，表示DNA分子中鸟嘌呤（G）和胞嘧啶（C）所占的摩尔百分比值。 特点：①亲缘关系相近的种，两者GC比也接近；②GC比差异很大的两种微生物，亲缘关系必然较远；③GC比是建立新分类单元的可靠指标， GC比相差低于2%时，没有分类学上的意义；种内各菌株间的差别在2.5%—4 .0%间；若相差在5.0%以上时，属于不同的种，差别超过10%，属于不同的属。 按碱基的互补配对原理，用人工方法对两条来源不同的单链核酸进行复性（退火），以构建新的杂合双链核酸的技术，称为核酸杂交。 核酸杂交法是测定核酸分子同源程度和不同物种间亲源关系的有效手段。 16S或18S rRNA编目分析的基本原理是： 用一种RNA酶水解 rRNA后，可产生一系列寡聚核苷酸片段，如果两种或两株微生物的亲缘关系越近，则其所产生的寡聚核苷酸片段序列也越接近。通过T1RNA酶的水解，可使rRNA形成1-20个核苷酸单位的寡聚核苷酸片段，选择其中含6个以上核苷酸的片段进行测序。计算两菌间寡聚核苷酸片段的相关系数 SAB= 2NAB/ NA+ NB （1）计算两菌株间的相似系数: Ssm=( a+d) / (a+b+c+d)或Sj=a/ (a+b+c) (2) 列出相似度矩阵: 对所研究的各个菌株都按配对方式计算出它们的相关系数后，把所得数据填入相似矩阵中。 （3）将矩阵图转换成树状谱（dendrogram）： 矩阵图转换成树状谱后，可以为按数值关系判断分类谱系提供直观的材料。 又称统计分类法，是一种依据数值分析的原理，借助现代计算机技术对拟分类的微生物对象按大量表型性状的相似性程度进行统计、归类的方法。 现代数值分类学是1957年由英国学者Sneath 在研究细菌分类时提出的。