全息基因组,肠道细菌与我们共同进化.pdfVIP

爱 TA ，爱 TA 身上的细菌 原文为发表于 NewScientist 的 The hologenome: A new view of evolution 处理尸体是个麻烦活儿。只是浅浅地掩埋，饥饿的动物很容易把它们 挖出来。当处理身体不再需要的物质时，我们面临着类似的麻烦。肝 脏净化血液的方式之一是在分子上贴上一个类似于“请扔掉”的标签， 这种标签通常由某种糖构成，而我们肠道中的那些细菌就爱吃甜食， 有些还会分泌出某种特定的酶，能把糖切下来吃掉。如此一来，那些 去掉标签的化合物就会被重复利用，而非被抛弃。 回溯到上世纪 80 年代，Richard Jefferson用这种酶开发了一种强大的技 术工具，直到今天仍旧在世界各地成千上万的基因工程实验室中使用 着。同时，他自己也着迷于这种酶在生物体中本来所承担的功能。它 们的回收再利用功能决定了血液中许多化合物的浓度水平，其中包括 性激素这样的重要物质。 Jefferson 当时就意识到，我们体内的细菌， 绝不仅仅是消极被动的食客，它们一定在以一种更深刻的方式影响着 我们。 在过去的十年间， Jefferson 这个观 点开始成为主流。一项项涌现的研究成果正在告诉我们，那些居住于 我们体内及体表的微生物们——科学家称之为“微生物组”——影响 着我们的身体，甚至是情感。然而，早在上世纪 80 年代， Jefferson 就 已经走得更远了。他当时就推测，如果微生物如此重要，它们就应该 在进化上也扮演着一个重要角色。进一步地，他提出了一个“全息基 因组进化理论”。他说：“‘全息基因组’是我这辈子最大的思想突破” 。 不过， 1987 年的 Jefferson 正忙于优化他的基因技术，还协助实施了 人类历史上的第一次基因工程作物田间试验。之后， Jefferson 离开科 学界，致力于使生物技术成为一种公开的技术资源，令这些技术不仅 局限在几个肥得流油的大公司，而是造福更多的人。他再也没能腾出 时间来认真整理并发表他的全息基因组理论，不过仍然常在会议中提 到这个概念。 过了二十余年之后，另一名学者产生了与 Jefferson 几乎相同的想法， 甚至也用了同样的命名。虽然这只是刚刚开始，却已有迹象显现，在 进化中，宿主身上共生的微生物可能确实扮演了超出过去所有预期的 重要角色。 最让 Jefferson 震动的是，微生物在很多关键的生理过程中都扮演着重 要的角色。比如，很显然，性激素的水平在很多方面影响了我们，而 根据 Jefferson 当时的某项偶然发现，几乎有 65%的睾酮循环过程与微 生物有关。 要产生那些或香或臭的独特芳香分子，微生物起了重要的作用。我们 的身体并不会直接分泌这些芳香分子，身体分泌的是一种名叫雄甾烯 的前体分子，然后由驻扎在我们体表的细菌把这种前体转换成挥发性 的雄甾烯醇，也就是通常所说的外激素。虽然这些芳香族分子对人类 择偶的作用仍有极大的争议，但在很多动物身上，这类分子显然在发 挥着重要的作用。 “生育力、繁殖力和择偶，达尔文的自然选择过程中 最重要的三驾马车，全都受到了微生物组的影响。 ”Jefferson 说道。 这暗示着，也许需要依靠每个个体身上特定的一组微生物，动植物们 才能成功地繁衍后代。当然，我们知道，寄生虫和疾病对于进化的适 应性是一种严重的负面影响。不过， Jefferson 认识到，微生物也可以 显著提高适应性。事实上，他最终得出结论，微生物是如此重要，以 至于我们不应该仅仅去研究动植物个体，而是应该把动植物与其微生 物组看成一个整体进行研究——也就是一个“生命单元” 。 1994 年，在纽约冷泉港实验室的一次学术会议上， Jefferson 简要总结 了他的想法，他发言说： “这个单元包含有成千上万个单独的基因组， 其组成和数目都在不断变化。 ”他认为，这些生命单元才是进化选择的 基本单元。 与此同时