一个基于基因表达谱的基因逻辑网络模型的建立与应用.pdfVIP

Research Papers Eæ理· PI]甲叫生…生物物脚琪酣进 k阳 s 川t L :抑切眈肌丁3尘沁品U?常Ut战忍混;町叫andB问叩呐阳忡阳 一个基于基因表达谱的基因逻辑网络 模型的建立与应用* 阮晓钢 1) 五金莲1)- 李辉刀 {叮k京工业大学电子信息与控制工程学院，北京 100022; 叮k京工业大学计算机学院，北京 100022) 摘要 慕剧之间除了线性关联作用关系外，还存在辛苦非线性的理销关系，用这种逻辑关系构建的生物系统网络模型对研究细 胞内的各种生物浦路和细胞分子网络非常震要.首先，根据阁着ß原理确定了慕困的低阶和商阶埂辑关系，然后应用结肠癌 慕困表达谱数据分析了 51 个癌基固和抑癌基目的逻辑关系，在此基础上构建了结肠癌基因表达的逻辑网络.通过这个网络模 型发现了与KEGG 数据库中结肠癌通路一致的转化生长因子信号通蹄，并分析了各生物通路成员之间错综复杂的关系.实验 结果表明，基因逻辑网络模型在一定程度上揭示了结肠癌基因和抑癌基因之间并行、分义等篮杂的相宜作用关系，反映了结 肠癌发病的复杂分子机制，为分子生物院学家掘供了…个参考模型. 关键词 结肠癌，基因表达谱，基因网络，阁着色 学科分类号 四18 积方法建立了细胞动态周期和细胞状态的网络模 结肠癌在我回是一种常见的恶性肿瘤，有着极 l11 型.2004 年 Bowers 等阴在 Science 上发表了用系统 高的发病率和死亡率. 1990 年Fearon 和 Vogelstein 发生谱逻辑分析方法(LAP肘，分析 67 个己完全测 提出了结、直肠癌变的多阶段遗传学模型，基本内 序物种的 4873 个 COG(直向问源蛋白簇)的文章， 容是结、直肠癌的发生捞及多层次、多种癌基因的 并发现了 750000 个新的蛋白质之间的逻辑关系. 激活以及抑癌基因的失活. Smyrk 和 Lynch[2J在 1997 2005 年Zhang 等I创建立了贝叶斯模型，对 104 个不 年对此模型做了新的修改和补充，并且给出了结肠 问家族的 COG 数掘进行了四元蛋白之间的逻辑关 癌思变的几种途径.越来越多的研究证明，结肠癌 系分析，发现了 143057 个新的朋冗蛋白之间的关 的发病机制不是单个致癌藏因激活或者抑痛失洒所 系.2005 年 Bowers 用 LAPP 方法分析了神经胶质 致，而是多个蒜因协同作用的结果，癌变过程伴随 瘤基因表达谱和肿瘤预后标志基因之间的相互关 着基因功能模块和基因表达模式的改变阳，由于目 系，依此预测疾病状态和分子功能之间的关系. 前对细胞内正常和病理机制的认识还不够，人们还 然而，目前大多数基因网络是基于基因之间线 不能完全解释清楚肿瘤发生的分子机制.然而结合 性关联而建立的模型，非线性的基因网络研究刚刚 生物信息学和系统生物学，建立基因嗣基因相