小麦erf类转录因子生物信息学分析-abc.pdf

G03 小麦ERF类转录因子 生物信息学分析 组长：林涛 组员：钟礼，周明，刘佳明 1月11 PCR引物设计及其分析 刘佳明 TEL: Email: 459494314@ 重大工程楼523室 2013/1/22 引物设计时应注意的问题 1、引物长度（primer length ）15-30 bp不应大于38 2 、引物序列在模板内应当没有相似性较高，尤其是3’ 端相似性 较高的序列，否则容易导致错配引物3’ 端出现3 个以上的连续 碱基，如GGG或CCC，也会使错误引发机率增加 3、序列Tm值(melting temperature) 如：Tm ＝4 ( G+C ) ＋2 ( A+T ) 4 、G+C含量（composition ） 40-60 % 5、引物二聚体及发夹结构（duplex formation and hairpin ） 6、避免在引物的3’ 端使用碱基A 2013/1/22 引物设计的软件 • Primer Primer5.0 (图形界面、自动搜索) 1 2 • Oligo 6.0 ( 图形界面、引物分析) • Primer-Blast (同源序列分析) 3 • Primer3 (引物分析、批量设计) 4 2013/1/22 Primer Primer5.0-软件主界面 2013/1/22 Primer Primer5.0-序列导入 2013/1/22 序列分析 2013/1/22 引物搜索设置 2013/1/22 结果显示 2013/1/22 2013/1/22 结果的保存 2013/1/22 引物合成 2013/1/22 Primer-BLAST 2013/1/22 参数设定 2013/1/22 结果显示 2013/1/22 example • Homo sapiens hemoglobin CATAAACCCTGGCGCGCTCGCGGGCCGGCACTCTTCTGGTCCCCACAGACTCAGAGAGAACCCACCATGG TGCTGTCTCCTGCCGACAAGACCAACGTCAAGGCCGCCTGGGGTAAGGTCGGCGCGCACGCTGGCGAGTA TGGTGCGGAGGCCCTGGAGAGGATGTTCCTGTCCTTCCCCACCACCAAGACCTACTTCCCGCACTTCGAC CTGAGCCACGGCTCTGCCCAGGTTAAGGGCCACGGCAAGAAGGTGGCCGACGCGCTGACCAACGCCGTGG CGCACGTGGACGACATGCCCAACGCGCTGTCCGCCCTGAGCGACCTGCACGCGCACAAGCTTCGGGTGGA CCCGGTCAACTTCAAGCTCCTAAGCCACTGCCTGCTGGTGACCCTGGCCGCCCACCTCCCCGCCGAGTTC ACCCCTGCGGTGCACGCCTCCC