分析转录因子结合位点.ppt

Where are the Genes in the Genome? 包括多种基因预测软件 NNPP分析启动子位点 在BCM的分析主页选择“Gene Feature Searches” 在“Gene Feature Searches”网页粘贴D63710序列、选择“NNPP/Eukaryotic-eukaryotic promoter prediction” 分析结果 BCM / （三）基因精细结构分析 Promoter2.0 predicts transcription start sites of vertebrate PolII promoters in DNA sequences. 分析启动子位点 Promoter 2.0 Prediction Server http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ 在“Promoter 2.0”网页粘贴D63710序列 分析结果 分析转录因子结合位点 Cis-acting element（顺式元件）和trans-acting element（反式元件）的互作 分析举例 PROSCAN 在Proscan网页粘贴序列（FASTA格式） 分析结果 /molbio/proscan/ 分析结果 分析举例 PLACE (A Database of Plant Cis-acting Regulatory DNA Element) http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/index.html 在PLACE主页点击“Signal Scan Search” 在“PLACE Web Signal Scan”网页粘贴序列（FASTA） 三种结果呈现方式：grouped by signal mapped to sequence scan by sequence order 点击相关链接查看什么类型的转录因子结合在相关cis-element上 植物 * 第六章 基因预测和基因结构分析 （I） 生物信息学 /courses/genomics/method/shotgun.html 基因组测序策略 Genome sequencing: QUICKER, SMALLER, CHEAPER Nature Biotechnology 26, 1135 - 1145 (2008) 13 years $3 billion 1 day $1000 /genomes/static/gpstat.html Nature Biotechnology 26, 1135 - 1145 (2008) identifying new genes looking at chromosome organization and structure finding gene regulatory sequences comparative genomics Applications of sequencing GAGAAAATCAATTGGTTTAGAAGGTTTGGACTCACTTGACAGGTTCAGTTGGAGACGATCATAGGTGGCTGCTGTGACAAAGGGAAATTGTGCTTTTCCAGCATGCTTACTGACCCTGATTTACCTCAGGAGTTTGAAAGGATGTCTTCCAAGCGACCAGCCTCTCCGTATGGGGAAGCAGATGGAGAGGTAGCCATGGTGACAAGCAGACAGAAAGTGGAAGAAGAGGAGAGTGACGGGCTCCCAGCCTTTCACCTTCCCTTGCATGTGAGTTTTCCCAACAAGCCTCACTCTGAGGAATTTCAGCCAGTTTCTCTGCTGACGCAAGAGACTTGTGGCCATAGGACTCCCACTTCTCAGCACAATACAATGGAAGTTGATGGCAATAAAGTTATGTCTTCATTTGCCCCACACAACTCATCTACCTCACCTCAGAAGGCAGAAGAAGGTGGGCGACAGAGTGGCGAGTCCTTGTCTAGTACAGCCCTGGGAACTCCTGAACGGCGCAAGGGCAGTTTAGCTGATGTTGTTGACACCTTGAAGCAGAGGAAAATGGAAGAGCTCATCAAAAACGAGCCGGAAGAAACCCCCAGTATTGAAAAACTACTCTCAAAGGACTGGAAAGACAAGCTTCTTGCAATGGGATCGG