喹啉-45H-酮衍生物与二肽基肽酶-南京师范大学学报自然科学版.PDF

第39卷第3期 南京师大学报（自然科学版） Vol.39 No.3 2016年9月 JOURNALOFNANJINGNORMALUNIVERSITY（NaturalScienceEdition） Sept，2016 doi：10.3969/j.issn.1001-4616.2016.03.011 三氢-咪唑并［4，5-c］喹啉-4（5H）-酮衍生物与 二肽基肽酶-4结合机理的理论研究 王 璇，杨雪雨，董珂珂，朱小蕾 （南京工业大学化工学院，材料化学工程国家重点实验室，江苏南京210009） ［摘要］ 通过分子对接、分子动力学（MD）模拟和结合自由能分析的方法研究了三氢-咪唑并［4，5-c］喹啉-4 （5H）-酮衍生物药物与二肽基肽酶之间的成键机制，分析和讨论了抑制剂和相邻残基之间的氢键和疏水相互作 用.用MM-PBSA方法计算得到的4个抑制剂的结合自由能与实验上测得的结果是一致的.抑制剂与DPP-4 的 关键残基间的范德华相互作用对于体系的结合能有较大的贡献，并且是区分不同抑制剂生物活性的标志之一. ［关键词］ 分子动力学模拟，MM-PBSA，二肽基肽酶，三氢-咪唑并［4，5-c］喹啉-4（5H）-酮衍生物抑制剂 ［中图分类号］O643.1 ［文献标志码］A ［文章编号］1001-4616（2016）03-0062-05 AStudyonBindingMechanismof3H-imidazo［4，5-c］quinolin-4（5H）-ones toDipeptidylPeptidaseIVBasedonMolecularDynamicsSimulation WangXuan，YangXueyu，DongKeke，ZhuXiaolei （StateKeyLaboratoryofMaterials-OrientedChemicalEngineering，CollegeofChemistryandChemicalEngineering， NanjingUniversityofTechnology，Nanjing210009，China） Abstract：Weapplymoleculardocking，moleculardynamics（MD）simulationsandbindingfreeenergyanalysistoinves⁃ tigateandrevealthebindingmechanismbetweenfour 3H-imidazo［4，5-c］quinolin-4（5H）-onesandDPP-4.Thehydro⁃ genbondingandhydrophobicinteractionsbetweeninhibitorsandadjacentresiduesareanalyzedanddiscussed.Thecal⁃ culatedbindingfreeenergiesusingMM-PBSAmethodareconsistentwiththeexperimentaldata.ThevanderWaalsin⁃ teractionbetweenkeyresiduesofDPP-4 andinhibitorshaslargercontributiontototalenergyandcandistinguishthe bindingaffinityoffourinhibitors. Keywords：moleculardynamicssimulation，MM-PBSA，DPP-4，3H-imidazo［4，5-c］quinolin-4（5H）-ones 二肽基肽酶-4（DPP-4），又被称为CD26，是一种丝氨酸蛋白酶，它能特异性地切掉底物N末端倒数第 ［1］ 二位的氨基酸残基（脯氨酸或丙氨酸）.在DPP-4 的酶活性底物中，胰高血糖素样肽- 1（GLP- 1）和葡萄糖