用于高通量测序的基因组靶序列捕获方法的建立-上海伯豪生物技术.pdfVIP

HEREDITAS (Beijing) 2010 12 , 32(12): 1296―1303 ISSN 0253-9772 技术与方法 DOI: 10.3724/SP.J.1005.2010.01296 用于高通量测序的基因组靶序列捕获方法的建立 1, 2 2 2 3 4 2 2 2 1, 2 陈丹 , 张雯 , 朱智东 , 黄银 , 王平 , 周贝贝 , 杨晓楠 , 肖华胜 , 张庆华 1. , , 200025; 2. , 201203; 3. , 201203; 4. , 200025 文章旨在建立一种基因组目标靶序列捕捉文库的方法, 并结合第二代测序技术, 以实现候选基因区段的深度测 序。利用Agilent 公司的eArray 在线平台, 对 1 250 个基因的 11 824 个外显子共2 414 977 bp 的基因组序列进行120 个 碱基长度的捕捉探针(钓饵)设计, 并制备成SureSelect 液相靶序列捕获试剂。选用2 例人基因组DNA, 超声打断后末端 补平并磷酸化, 连接 SOLiD 接头, 回收 150bp~200bp 的 DNA 片段, 与靶序列探针杂交捕获目标序列, 油包水微乳滴 PCR 扩增后, 磁珠分离富集, 上SOLiD 测序系统通过工作流程分析(WFA)进行文库质量的评价, 或正式测序反应。结果 显示对所包含的11 147 个基因外显子片段设计出并合成了46 509 个捕捉探针, 制备成SureSelect 试剂盒。探针可有效 地捕捉并富集基因组DNA 的目标靶片段, 定量PCR 显示富集效率可达29 倍。WFA 分析表明文库可以在 SOLiD 仪器 进行正式测序。测序结果显示靶序列区域的测序数占有效总测序数的比例达到 70%, 覆盖率均在 200× 以上。结果表明 本研究所建立的SureSelect 基因组靶序列捕捉、富集建立测序文库的技术路线可行, 可直接用于SOLiD 测序仪的测序。 靶序列捕获; 第二代测序; 液相杂交; 油包水PCR Establishment of target genomic DNA capturing system for next generation sequencing 1, 2 2 2 3 4 2 CHEN Dan , ZHANG Wen , ZHU Zhi-Dong , HUANG Yin , WANG Ping , ZHOU Bei-Bei , YANG Xiao-Nan2 2 1, 2 , XIAO Hua-Sheng , ZHANG Qing-Hua 1. State Key Laboratory of Medical Genomics, Ruijin Hospital, Shanghai Jiaotong University School of Medicine, Shanghai 200025, China; 2. National Engineering Research Center for Biochip at Sh